1、同源蛋白质 单定义：来自同一祖先蛋白质，随着进化而分化为具 有不同功能特征的蛋白质 四产生原因： 趋异突变(divergent mutation):导致蛋白质一级 结构改变，使蛋白质被淘汰或形成新蛋白质 中性突变(neutral mutation):不影响蛋白质功能
1、同源蛋白质 定义：来自同一祖先蛋白质，随着进化而分化为具 有不同功能特征的蛋白质 产生原因： ♣趋异突变（divergent mutation）：导致蛋白质一级 结构改变，使蛋白质被淘汰或形成新蛋白质 ♣中性突变（neutral mutation）：不影响蛋白质功能
特征： 同源蛋白质的种属差异多见于蛋白质分子表面的 氨基酸残基，内部残基的变异不仅少见，还往往 借其他改变来进行补偿，借以减少肽链主体的任 何紊乱，且变异常常是类似性质氨基酸； 任何两个无关的蛋白质肽链之间，一般都可能出 现5%位置上残基相同的情况； 至少15%（去除间隔与插入）位置上残基相同的 蛋白质才有可能是同一家族，15%~25%的残基 相同者属于准同源；
特征： ♣同源蛋白质的种属差异多见于蛋白质分子表面的 氨基酸残基，内部残基的变异不仅少见，还往往 借其他改变来进行补偿，借以减少肽链主体的任 何紊乱，且变异常常是类似性质氨基酸； ♣任何两个无关的蛋白质肽链之间，一般都可能出 现 5% 位置上残基相同的情况； ♣至少 15%（去除间隔与插入）位置上残基相同的 蛋白质才有可能是同一家族，15%~25% 的残基 相同者属于准同源；
同源蛋白质某一特定位置的氨基酸残基可以 相同(invariable),保守(conservative)/相似 (similar)和可变(variable); 高度保守的氨基酸残基对维持蛋白质的结构和 功能非常重要； 同源蛋白质拥有共同的三维结构
♣同源蛋白质某一特定位置的氨基酸残基可以 相同（invariable), 保守（conservative）/ 相似 （ similar）和可变（variable）； ♣高度保守的氨基酸残基对维持蛋白质的结构和 功能非常重要； ♣同源蛋白质拥有共同的三维结构
2、蛋白质家族与超家族 同源蛋白质序列中，残基相同多于50%者属 于同一家族蛋白质 少于50%者属于超家族蛋白质。还应考虑蛋 白质立体结构中结构域或模体的相似性及其 与功能进化的关系 在蛋白质家族中根据其氨基酸序列相差少于 20%者可划分为亚家族(subfamily)
2、蛋白质家族与超家族 ♥同源蛋白质序列中，残基相同多于 50% 者属 于同一家族蛋白质 ♥ 少于 50% 者属于超家族蛋白质。还应考虑蛋 白质立体结构中结构域或模体的相似性及其 与功能进化的关系 ♥ 在蛋白质家族中根据其氨基酸序列相差少于 20% 者可划分为亚家族（subfamily)
举例：细胞色素C(cytochrome C) <60各物种中，有27个位置上的氨基酸残基完全 不变，是维持其构象中发挥特有功能所必要的部 位，属于不变残基 ×可变残基可能随着进化而变异，而且不同种属的 细胞色素C氨基酸差异数与种属之间的亲缘关系 相关。亲缘关系相近者，氨基酸差异少，反之则 多（进化树） ×单位进化周期(unit evolution period):蛋白质在 进化过程中每一个残基的变异所需时间
举例：细胞色素 C （cytochrome C ） 60 各物种中，有 27 个位置上的氨基酸残基完全 不变，是维持其构象中发挥特有功能所必要的部 位，属于不变残基 可变残基可能随着进化而变异，而且不同种属的 细胞色素 C氨基酸差异数与种属之间的亲缘关系 相关。亲缘关系相近者，氨基酸差异少，反之则 多（进化树） 单位进化周期（unit evolution period): 蛋白质在 进化过程中每一个残基的变异所需时间