例如，如果一个生物学家按照生物体是否 有眼睛来构建进化树，那么他可能将人类、两 翼昆虫和软体动物放在同一个进化组中，因为 它们都有光探测器官。在这个例子中，很明显 这3种生物体并不具有密切的关系，在其他特 征上有天壤之别，就是它们眼睛的构造也大相 径庭。这说明表型有时候会误导我们，表型相 理与生 似并不总是反映基因相似。 工程 院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 6
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 6 例如，如果一个生物学家按照生物体是否 有眼睛来构建进化树，那么他可能将人类、两 翼昆虫和软体动物放在同一个进化组中，因为 它们都有光探测器官。在这个例子中，很明显 这3种生物体并不具有密切的关系，在其他特 征上有天壤之别，就是它们眼睛的构造也大相 径庭。这说明表型有时候会误导我们，表型相 似并不总是反映基因相似
用表型来判定进化关系的另一个问题是， 对于许多生物体很难检测到可用来进行比较的 表型特征。例如，即使用显微镜检查，也难以 发现细菌的明显特性。当我们试图比较关系较 远的生物体的时候，第三个问题又出现了，即 什么样的表型特征能用来比较呢？例如，分析 细菌、蠕虫和哺乳动物，它们之间的共同特征 实在是少之又少。 数理与生 工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 7 用表型来判定进化关系的另一个问题是， 对于许多生物体很难检测到可用来进行比较的 表型特征。例如，即使用显微镜检查，也难以 发现细菌的明显特性。当我们试图比较关系较 远的生物体的时候，第三个问题又出现了，即 什么样的表型特征能用来比较呢？例如，分析 细菌、蠕虫和哺乳动物，它们之间的共同特征 实在是少之又少
随着人们对生物的认识从宏观发展到微观 ,科学家对物种分类的依据也从宏观上的形态 发展到了微观上的分子，并且有了突破性的进 展，系统发生分析进入分子层次。科学家认为 ,现今世界上存在的核酸和蛋白质分子都是从 共同的祖先经过不断的进化而形成的，作为生 物遗传物质的核酸和作为生命机器的蛋白质分 子中存在着关于生物进化的信息，可用于系统 与生 发生关系的研究。 工 程 院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 8
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 8 随着人们对生物的认识从宏观发展到微观 ，科学家对物种分类的依据也从宏观上的形态 发展到了微观上的分子，并且有了突破性的进 展，系统发生分析进入分子层次。科学家认为 ，现今世界上存在的核酸和蛋白质分子都是从 共同的祖先经过不断的进化而形成的，作为生 物遗传物质的核酸和作为生命机器的蛋白质分 子中存在着关于生物进化的信息，可用于系统 发生关系的研究
在分子水平上进行分析具有许多表型分析 所没有的优势，所得到的结果更加科学、可靠 。分子系统发生分析直接利用从核酸序列或蛋 白质分子提取的信息，作为物种的特征，通过 比较生物分子序列，分析序列之间的关系，构 造系统发生树，进而阐明各个物种的进化关系 。当然，这些分子不仅在序列上保留着进化的 痕迹，它们的结构也保留着进化的痕迹。 数理与生 工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 9
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 9 在分子水平上进行分析具有许多表型分析 所没有的优势，所得到的结果更加科学、可靠 。分子系统发生分析直接利用从核酸序列或蛋 白质分子提取的信息，作为物种的特征，通过 比较生物分子序列，分析序列之间的关系，构 造系统发生树，进而阐明各个物种的进化关系 。当然，这些分子不仅在序列上保留着进化的 痕迹，它们的结构也保留着进化的痕迹
20世纪60年代，蛋白质测序成为可能；20 世纪70年代，研究者开始能够获得基因组信息 ,特别是DNA序列。蛋白质序列和DNA序列 为分子系统发生分析提供了可靠的数据。 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 10
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 10 20世纪60年代，蛋白质测序成为可能；20 世纪70年代，研究者开始能够获得基因组信息 ，特别是DNA序列。蛋白质序列和DNA序列 为分子系统发生分析提供了可靠的数据