原理是否已知？· 物理。 化学 生物。 物质。 化合物. 生物体 基本粒子 元素 基因 是 是 否 图8-2物理学、化学和生物学的基本原理对比
图8-2 物理学、化学和生物学的基本原理对比
8.2.3层次抽提 除相互作用概念外，层次抽提是另外一个重要 的概念。如图8-3所示，半胱氨酸在原子层次上是由 碳、氮、氧、氢和硫原子组成的网络结构，但是在分 子层次上，则被抽象为字母C,同其它19种抽象过的 字母（氨基酸）一起构成了蛋白质一级序列。在网络 层面上，蛋白质被抽象为一种符号，Ras,各个符号 (蛋白质)之间的连线代表着一种通路。后基因组生 理 物信息学的一个重要思想是从分子网络层次研究生物 学。 工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 12
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 12 8.2.3 层次抽提 除相互作用概念外，层次抽提是另外一个重要 的概念。如图8-3所示，半胱氨酸在原子层次上是由 碳、氮、氧、氢和硫原子组成的网络结构，但是在分 子层次上，则被抽象为字母C，同其它19种抽象过的 字母（氨基酸）一起构成了蛋白质一级序列。在网络 层面上，蛋白质被抽象为一种符号，Ras，各个符号 （蛋白质）之间的连线代表着一种通路。后基因组生 物信息学的一个重要思想是从分子网络层次研究生物 学
COOH ,原子水平 C.N.O.H.S H,N- CH2 SH MTEYKLVVVGAG A©D.E,F, GVGKSALTIQLI QNHFVDEYDPTI 分子水平 G.H,I,K.L, EDSYRKQVVIDG M,N,P,Q,R ETCLLDILDTAG QEEYSAMRDQYM S.T.V.W,Y NNTKSFEDIHQY Ras oO 网络水平 D OQOO00O-0 Tsl-Tor-Drk-Sos-Ras85D-Phl-Dsorl-Rolled Csw 图8-3层次抽提的概念
图8-3 层次抽提的概念
传统生物学关注的是一个一个的通路，而后 基因组生物信息学则希望研究各个通路之间的相互 作用，构成一个复杂的相互作用网络，从而从更高 的层面上理解生命过程。通俗地说：传统生物学看 到的是树木，后基因组生物信息学则看到的是森林。 图8-4为细胞内多种信号传导通路在相互作用网络 视角的示意图。图8-5显示了构建网络的部分方法。 数 与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 14
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 14 传统生物学关注的是一个一个的通路，而后 基因组生物信息学则希望研究各个通路之间的相互 作用，构成一个复杂的相互作用网络，从而从更高 的层面上理解生命过程。通俗地说：传统生物学看 到的是树木，后基因组生物信息学则看到的是森林。 图8-4为细胞内多种信号传导通路在相互作用网络 视角的示意图。图8-5显示了构建网络的部分方法
Anti-growth fectors (e.g.TGFB) GSK-3B TCF Cells(E-Cadhetin i-Cofeni TGF卫R CdC42-P13K- ->Rac Cvel D:CDK4 Cas-Cr PLC E2Fs CDK2 P& DNA damag ange MEKK- (Cell Cycle) Hormnones (e.g.Bombesin)7-TMR) CREB- A月F-MDM2 (e.g.Estrogen) NHR (e.g.ER) NF-B 3. Survival Factors (e.g.IGF1) RTK 13 (Apoptosis) 51a3. A Stat 3.5 Bad Mitochondria Jaks Death Abnormality Factors (e-g.FasL) Cytokine R) 、sensor Figure from:Hanahan and Weinberg,2000.Cell 100,p.57-70 图84在网络层面对细胞内生命过程的理解
图8-4 在网络层面对细胞内生命过程的理解