第十一章 微生物的进化、系统 发育和分类鉴定
第十一章 微生物的进化、系统 发育和分类鉴定
(参见P313) 生物分类的二种基本原则: a)根据表型( phene ic)特征的相似程度分群归类, 这种表型分类重在应用,不涉及生物进化或不以 反映生物亲缘关系为目标; b)按照生物系统发育相关性水平来分群归类,其目标 是探寻各种生物之间的进化关系,建立反映生 物系统发育的分类系统
生物分类的二种基本原则： a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类， 这种表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以 反映生物亲缘关系为目标； b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生 物系统发育的分类系统。 （参见P313）
第一节进化的测量指(参见P314) 、进化指征的选择 1.生物大分子作为进化标尺依据 蛋白质、RNA和DNA序列进化变化的显著特点是进 化速率相对恒定,也就是说,分子序列进化的改变 量(氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率)与分子进 化的时间成正比 a)在两群生物中,如果同一种分子的序列差异很大时, 进化距离远,进化过程中很早就分支了 b)如果两群生物同一来源的大分子的序列基本相同, 处在同一进化水平上
蛋白质、RNA和DNA序列进化变化的显著特点是进 化速率相对恒定，也就是说，分子序列进化的改变 量 (氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率)与分子进 化的时间成正比。 1. 生物大分子作为进化标尺依据 a ）在两群生物中，如果同一种分子的序列差异很大时， 进化距离远，进化过程中很早就分支了。 b）如果两群生物同一来源的大分子的序列基本相同， 处在同一进化水平上。 （参见P314） 一、进化指征的选择 第一节 进化的测量指征
2.作为进化标尺的生物大分子的选择原则 1)在所需研究的种群范围内,它必须是普遍存的 2)在所有物种中该分子的功能是相同的。 3)为了鉴定大分子序列的同源位置或同源区,要求所 选择的分子序列必须能严格线性排列,以便进行进 步的分析比较。 4)分子上序列的改变(突变)频率应与进化的测量尺 度相适应 大量的资料表明:功能重要的大分子、或者大分子中功能 重要的区域,比功能不重要的分子或分子区域进化变化速 度低。 (参见P314)
2. 作为进化标尺的生物大分子的选择原则 1）在所需研究的种群范围内，它必须是普遍存的。 2）在所有物种中该分子的功能是相同的。 3）为了鉴定大分子序列的同源位置或同源区，要求所 选择的分子序列必须能严格线性排列，以便进行进 一步的分析比较。 4）分子上序列的改变（突变）频率应与进化的测量尺 度相适应。 大量的资料表明：功能重要的大分子、或者大分子中功能 重要的区域，比功能不重要的分子或分子区域进化变化速 度低。 （参见P314）
二、RNA作为进化的指征 (参见P315) l6 SrRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺 1)rRNA具有重要且恒定的生理功能; 2)在16 SrRNA分子中,既含有高度保守的序列区域,又 有中度保守和高度变化的序列区域,因而它适用于进化距 离不同的各类生物亲缘关系的研究; 3)16 SrrNA分子量大小适中,便于序列分析; 4)rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%),也易 于提取; 5)16 SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物 中其同源分子是18RNA)。因此它可以作为测量各类生 物进化的工具
二、RNA作为进化的指征 16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺” ： 1）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又 有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距 离不同的各类生物亲缘关系的研究； 3）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易 于提取； 5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物 中其同源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生 物进化的工具。 （参见P315）