结构生物学的研究对象 结构生物学的研究历程与主要成果−−−诺贝尔奖 结构生物学的起始：DNA双螺旋 血红蛋白（Hemoglobin） 精确揭示病原分子三维结构与致病机制 基于三维结构的药物设计 基于抗原结构的疫苗设计 蛋白类药物的改造 结构生物学的发展前沿与趋势

转录因子调控的基本方式 一、通过与顺式调控元件相互作用影响转录活性 二、通过与其它转录因子或辅助蛋白相互作用影响转录活性 一、DNA/RNA与蛋白质的相互作用技术 ❑ Report gene Assay ❑ EMSA ❑ ChIP ❑ SELEX 二、蛋白质与蛋白质的相互作用技术 ❑ Protein Affinity Chromatography ❑ co-immunoprecipitation，Co-IP ❑ Pull down ❑ Phage Display ❑ Yeast Two-hybrid ❑ Protein Array

核受体与临床疾病发病与治疗 ◼ 神经系统疾病 ◼ 神经退行性变,慢性炎症(PPARΥ),疼痛,抑郁症、阿尔茨海默病(ER) ◼ 代谢性疾病 ◼ II型糖尿病、高脂血症、肥胖、高血压、脂肪肝、肿瘤、炎症（免疫）性疾病、水盐电解质代谢紊乱等 ◼ 血液系统疾病 ◼ 白血病(RXR,ER) ◼ Nuclear Receptor Pathway ◼ Hotspot in NRs research ◼ Basic Medicine (case I) ◼ Translational Medicine (case II) ◼ Applied Basic Research (case III) Hotspot in Gene Expression Regulation of Nuclear Receptors ➢乳腺癌治疗抵抗新机制的研究 ➢寻找乳腺癌治疗抵抗新策略

RNA聚合酶Ⅱ CTD的磷酸化促进转录延长 转录调控 顺式作用元件调控转录起始 转录激活因子促进基因转录 转录抑制因子抑制基因转录 CTD的磷酸化挽救不成功转录 常染色质区内基因有转录活性 组蛋白修饰改变染色质活性 转录活性基因启动子区甲基化程度低 非编码RNA参与调控染色质结构 染色质水平调控 转录后调控 mRNA 加帽和脱帽的调控 CTD参与调节RNA的转录后加工 剪接过程的调控 mRNA 加尾的调控 mRNA转运及细胞质定位的调控 mRNA稳定性的调控 翻译调控 翻译起始因子的磷酸化调节翻译 RBP结合UTR抑制翻译 通过5  -AUG调控翻译起始效率 miRISC结合靶mRNA抑制翻译 lncRNA调控mRNA的翻译 真核基因表达调控 1 Background 2 microRNA 3 lncRNA

• Protein Structure Prediction & Alignment (蛋白质结构预测&比对) • Molecular Dynamics Simulation (分子动力学模拟) • Protein-protein interaction prediction (蛋白质-蛋白质相互作用预测) 蛋白质结构比较 • Global versus local alignment（全局和局部比对） • Measuring protein similarity（结构相似度评估） • Protein structure superposition（结构叠合） • Protein structure alignment（结构比对）

1 基因组序列特征分析  碱基组成分析  序列模体分析  密码子使用偏嗜性分析  重复序列分析  限制性酶切位点分析  基因识别 2 基因功能分析 3 基因组比较 基因组比较  基因组比较：将一个基因组（全部序列、预测的所有基因或蛋白质）与其自身（物种内）或其它的基因组（物种间）进行比较。  对不同物种的基因组进行比较分析，帮助我们理解基因组间的相似性、基因组的进化及其基因的进化历程 基因组内比较 vs 基因组间比较

什么是生物信息学？ 生物信息在哪儿？ 细胞 分子 存贮、复制、传递和表达 遗传信息的系统 生物信息的载体 DNA RNA Protein Phenotype 生物信息学的发展背景 生物信息学的研究内容 我校生物信息学的平台简介

1 双序列比对介绍 2 BLAST的基本原理 3 BLAST应用 4 序列相似度聚类  人的BIRC5基因编码的蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2  BIRC5具有保守的功能结构域BIR 主要功能：caspase酶的抑制因子

生命科学的核心问题： 生命是什么？ 终极问题,最后Boss 一个 DNA （Gene）---- Gain/lost of function 多个或一组 DNA （Genes/ genome）----系统，网络 合成生物？ 干细胞组织工程？克隆动物（人）？ 肿瘤，转基因动物（绿色荧光小鼠），遗传病 DNA is very important ! • DNA的碱基排列（ATGC）顺序（sequence） 储存着遗传信息，进而决定物种性状； • 人的核内DNA有3X10^9个碱基对，以23对染 色体形式存在。 Decoding the genome: classical methods and ideas Mapping open chromatin in cd28/ctl4/icos locus region during T cells activation

一、基因组进化的分子基础 二、基因组的进化模式 The mode of Genome evolution I. The Origin of Genome II. The Origin of New Genes III. The Evolution of New Genes 基因组进化的分子基础 突变（mutation） 重组（recombination) 转座(transposition) III. 新基因的进化（Evolution of new genes ）