烟草基因组中NBS类抗性基 因的分析 专业作物学 答辩人冷晓东 指导教师樊龙江教授
烟草基因组中NBS类抗性基 因的分析 专 业 作 物 学 答 辩 人 冷 晓 东 指导教师 樊龙江教授
综 述 烟草是一种重要的经济作物,烟草行业一方面能够为国家 增加税收,同时对发展国民经济和满足人民生活需要,都 起了重大的作用 ·烟草作为模式植物,对于植物科学发展来说,无论是在基 础研究还是在应用方面都起了很大作用,尤其是在遗传、 育种、生理、生化以及采收后代谢方面。 烟草也是研究植物病原互作最好的模式作物之一。抗性基 因在植物与病原互作过程中,起到非常重要的作用。所以 对抗性基因的研究,无论对植物本身,还是对指导育种都 有非常重要的意义。 ·在烟草基因组测序的背景下,我们对烟草抗性基因进行了 些基础性的研究
综 述 • 烟草是一种重要的经济作物，烟草行业一方面能够为国家 增加税收，同时对发展国民经济和满足人民生活需要，都 起了重大的作用。 • 烟草作为模式植物，对于植物科学发展来说，无论是在基 础研究还是在应用方面都起了很大作用，尤其是在遗传、 育种、生理、生化以及采收后代谢方面。 • 烟草也是研究植物病原互作最好的模式作物之一。抗性基 因在植物与病原互作过程中，起到非常重要的作用。所以 对抗性基因的研究，无论对植物本身，还是对指导育种都 有非常重要的意义。 • 在烟草基因组测序的背景下，我们对烟草抗性基因进行了 一些基础性的研究
研究过程 烟草基因组的分析 (基于GI基因组序列) NBS类抗性基因的 生物信息学分析 烟草NBS类抗性基因 遗传多态性分析 NBS类抗性 与抗性基因连锁的 基因家族分析 SSR分子标记的开发
研究过程 烟草基因组的分析 (基于TGI基因组序列) NBS类抗性基因的 生物信息学分析 烟草NBS类抗性基因 遗传多态性分析 NBS类抗性 与抗性基因连锁的 基因家族分析 SSR分子标记的开发
关于TGI( obacco genome initiative http://tgi.ncsuedu/) 数据类型 条数平均长度|累计长度(Mb)占基因组比例 1,082,523 经甲基化筛选的克5fles) 隆序列 7385 164% 6822bp 16885+25023 未经筛选的克隆序|=49038 12.6+17.1=29.7 0.7% 列 746.2+6823bp BAC克隆末端序 1628 0.587 360.7bp 140.156 BAC序列 (93 BACS) 1019 2.3% 7269b 计 1,266,215 870.7 19.3%
关于TGI（Tobacco Genome Initiative http://tgi.ncsu.edu/） 数据类型 条数/平均长度 累计长度（Mb） 占基因组比例 经甲基化筛选的克 隆序列 1,082,523 (5 files) 682.2bp 738.5 16.4％ 未经筛选的克隆序 列 16885+25023 =41908 746.2+682.3bp 12.6+17.1=29.7 0.7% BAC克隆末端序列 1628 360.7bp 0.587 BAC序列 140,156 (93 BACs) 726.9bp 101.9 2.3％ 合计 1,266,215 870.7 19.3％
拼接去冗余后信息 数据类型 序列条数平均长度|数量(m点蒸因组漫盖功能基因|基因密度(个 经甲基化筛选的克 465433 隆序列 4584Mb410.2%|2387(181%) (包括BAC序列 5.10 984.9b 未经筛选的克隆序107713912100+129 <0.5% 20 0.87 9278+9261bp =229Mb 647 BAC克隆末端序列 0.28Mb 432.1bp 3,285(92BACs) BAC序列(5X覆盖) 3047.2bp 35.7contigs per BACS: /10.0Mb 0.2% 108.7kb per BAC 合计 494054 <4912Mb<10.9%<2408(<18.2%)
拼接去冗余后信息 数据类型 序列条数/平均长度 数量（Mb） 占基因组 比例 覆 盖 功 能 基 因 （比例）& 基因密度（个 /Mb） 经甲基化筛选的克 隆序列 465433 984.9bp <458.4Mb <10.2％ 2387（18.1％） （包括BAC序列） 5.10 未经筛选的克隆序 列 10777+13912 927.8+926.1bp 10.0+12.9 =22.9Mb <0.5% 20 0.87 BAC克隆末端序列 647 432.1bp 0.28Mb 1 BAC序列（5X覆盖） 3,285 (92BACs) 3047.2bp 35.7contigs per BACs; 108.7kb per BAC 10.0Mb 0.2％ / / 合计 494054 <491.2Mb <10.9% <2408(<18.2%)