cpG岛的分布 CG岛 内含子外显子 二氢叶酸还原酶基因 脊椎动物中CpG RNA 岛的分布有如下 特点:1.主要分 次黄嘌呤转磷酸核糖基酶 队布在基因的5端 RNA +?和第1个外显子 核糖体蛋白基因 区.2.人类中 40%的管家基因 10000b 的5端均含CpG 岛.3.双碱基CpG-具回文结构,是甲基化酶作用的位点,可 在回文对称的两个胞嘧啶5位碳原子上进行甲基化在CpG 岛中-CpG-双碱基均无甲基化
CpG岛的分布 脊椎动物中CpG 岛的分布有如下 特点: 1.主要分 布在基因的5’端 和第1个外显子 区. 2. 人类中 40%的管家基因 的5‘端均含CpG 岛. 3. 双碱基-CpG-具回文结构,是甲基化酶作用的位点,可 在回文对称的两个胞嘧啶5位碳原子上进行甲基化. 在CpG 岛中-CpG-双碱基均无甲基化
人类基因组cpG岛的组成 表62人类基因组草图顺序CpG岛数目与GC含量 CpG岛中 CDG岛 CpG岛 CpG岛各类CDG岛 GC含量 数目 比例/% 总长/bp比例/% 总数 28890 100 19818547 100 >80% 0.08 0.03 70%~80% 5884 3111965 60%~70% 8779 50%~60% 4205 065 13110924 3589742
人类基因组CpG岛的组成
为何会产生0pG岛? 1)由于细胞内胞嘧啶甲基化与脱氨基事件常常 发生,导致复制时的C→A错配在下一轮复制 时原来的胞嘧啶(C位置由胸腺嘧啶(T)取代, 即发生碱基代换因此基因组DNA顺序进化的 总趋势是AI比例增加 2)“基因转换”,即DNA复制时以同源DNA单链 为模板进行复制,使子代DNA出现高GC比的 转换 3)管家基因对生物的存活极其重要,启动子区是 基因调控的主要成分,因此很少发生可遗传的 C→A的突变,保留了较平均值更高的G/C比
为何会产生CpG岛? 1) 由于细胞内胞嘧啶甲基化与脱氨基事件常常 发生, 导致复制时的C→A错配.在下一轮复制 时原来的胞嘧啶(C)位置由胸腺嘧啶(T)取代, 即发生碱基代换. 因此基因组DNA顺序进化的 总趋势是A/T比例增加. 2) “基因转换”, 即DNA复制时以同源DNA单链 为模板进行复制, 使子代DNA出现高G/C比的 转换. 3) 管家基因对生物的存活极其重要, 启动子区是 基因调控的主要成分, 因此很少发生可遗传的 C→A的突变, 保留了较平均值更高的G/C比
植物基因组中的cpG岛 1)植物基因组,主要是小型基因组(水稻和拟南芥) 含有类似脊椎动物基因组中的CpG岛 2)水稻和拟南芥CpG岛的分布密度分别为47 kb和40kb 3)水稻和拟南芥CpG岛的分布覆盖了整个基因, 并非如脊椎动物那样局限于基因5端 4)植物除CpG-可被甲基化外, CpNpg-回文结 构的胞嘧啶也可甲基化 5)植物中-CpG-在CpG岛中的比例在75-80%,与 脊椎动物类似,单子叶高于双子叶. 引自: Ashikawa, Plant Journal26:217,2001
植物基因组中的CpG岛 1) 植物基因组,主要是小型基因组(水稻和拟南芥) 含有类似脊椎动物基因组中的CpG岛. 2) 水稻和拟南芥CpG岛的分布密度分别为4.7 kb和4.0 kb. 3) 水稻和拟南芥CpG岛的分布覆盖了整个基因, 并非如脊椎动物那样局限于基因5’端. 4) 植物除-CpG-可被甲基化外, -CpNpG-回文结 构的胞嘧啶也可甲基化. 5) 植物中-CpG-在CpG岛中的比例在75-80%, 与 脊椎动物类似, 单子叶高于双子叶. 引自:Ashikawa, Plant Journal 26:217, 2001
水稻编码基因G/G比例非均一分布 GG分布曲线 基因编码区 水稻基因的CG含量呈现由5向3逐渐降低的分布态势 这种特征与人的肩膀类似,故称溜肩形( shoulder)
水稻编码基因C/G比例非均一分布 水稻基因的CG含量呈现由5‘向3’逐渐降低的分布态势, 这种特征与人的肩膀类似, 故称溜肩形(shoulder)