自我神经基础的探讨常基于自我相关加工的研究,涉及皮质中线结构各个脑区甚至全脑协同作用。内侧前额叶皮质及其次成分在自我相关加工中发挥重要作用：腹内侧前额叶皮质较多支持默认模式下的自我加工、自我信息的觉察和“在线”自我加工,背内侧前额叶皮质主要参与有意识的自我参照加工、自我信息的评价和“主导的”自我加工。在自我-他人表征中,自我-他人表征的情感性、认知性和文化性因素均调节内侧前额叶皮质及次成分的活动。未来在动态的时间和人际背景中解析自我加工的神经机制是重要的研究方向
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