序列模体分析: ttgaaaccagacgtttcgccccTATTACagactcacaaccacatgatgac ctggcggcgtagcgatgcgctgGTTACTctgaaaacggtctatgcaaatt tgacttttagcgcccatatctcCAGAATgccgccgtttgccagaaattcg gatttacgtcatcattgtgaattaatat gcaaataaagtgagtgaatatt agaatacagcttattgaataccCATTATgagttagccattaacgcgtcca cgacgacggtttacgctttacg TATAGTggcgacaattttttttatcggg ctgacgctttttatcgcaactctctactgtttctccatacccgttttttt atccgtttttgtatccagtaacTCTAAAagcatatcgcattcatctggag ttttttattgaatgtagaattttattctgaatgtgtgggctctctatttt tattctgaatgtgtgggctctc tattttaggattaattaaaaaaatagag tcttttcacctttcctcctgttTATTCTtattaccccgtgtttatgtctc attgcttaagcaagatcggacggTTAATgtgttttacacattttttccgt gcgccacactaaggtaattccttatgctggcaatgtcgtgaccagtgata tgcagcctgtgctcagcgcgtgTTTcATacgcaagtgcgtatcggcgcgc
序列模体分析： ttgaaaccagacgtttcgccccTATTACagactcacaaccacatgatgac ctggcggcgtagcgatgcgctgGTTACTctgaaaacggtctatgcaaatt tgacttttagcgcccatatctcCAGAATgccgccgtttgccagaaattcg gatttacgtcatcattgtgaatTAATATgcaaataaagtgagtgaatatt agaatacagcttattgaataccCATTATgagttagccattaacgcgtcca cgacgacggtttacgctttacgTATAGTggcgacaattttttttatcggg ctgacgctttttatcgcaactcTCTACTgtttctccatacccgttttttt atccgtttttgtatccagtaacTCTAAAagcatatcgcattcatctggag ttttttattgaatgtagaatttTATTCTgaatgtgtgggctctctatttt tattctgaatgtgtgggctctcTATTTTaggattaattaaaaaaatagag tcttttcacctttcctcctgttTATTCTtattaccccgtgtttatgtctc attgcttaagcaagatcggacgGTTAATgtgttttacacattttttccgt gcgccacactaaggtaattcctTATGCTggcaatgtcgtgaccagtgata tgcagcctgtgctcagcgcgtgTTTCATacgcaagtgcgtatcggcgcgc … …
序列模体分析: Sequence logo Nucleic Acids Res. 1990 october 25: 18(20) 6097-6100 PMCID: PMC332411 Copyright notice sequence logos: a new way to display consensus sequences. T D Schneider and R M Stephens National Cancer Institute. Frederick Cancer Research and Development Center. MD 21701 口 Sequence logo是一种用图形来表示同源基 因的moti中每一列残基信息的方法 2 The-10 region of 350 E coli promoters 0 5
序列模体分析：Sequence Logo Sequence Logo是一种用图形来表示同源基 因的motif中每一列残基信息的方法
序列模体分析: Sequence logo 口 Sequence logo seq 1082 ∑ Pn log2 Pn is the observed frequency of symbol n at a particular sequence position N is the number of distinct symbols for the given sequence type 口在线 Sequence l0g0s工具: http://weblogo.berkeley.edu/
序列模体分析：Sequence Logo 在线Sequence Logos工具： http://weblogo.berkeley.edu/ Sequence Logo
密码子使用偏嗜性分析 Second Base 口20种氨基酸各有其特定的 UCU UUC UCC UAC 密码子,许多氨基酸具有 UU UCA UAA Stop UGA Sto ucAG 多个密码子,这种现象称 UUG UCG UAG Stop UGGTrp 为简并密码。 CU ccC CUA CCA CUG CCG CAG CGG AUU Aem/w~msu对于存在于不同物种体内 ACU 的同一个蛋白质,尽管它 AUA AAA Lys AGA AUG Met/ StartACG 们氨基酸序列相同,但在 GUU GCU 基因水平上,核苷酸序列 GUC GCA GAA 可能不一样。 GUG GCG GAG GGG
密码子使用偏嗜性分析 20种氨基酸各有其特定的 密码子，许多氨基酸具有 多个密码子，这种现象称 为简并密码。 对于存在于不同物种体内 的同一个蛋白质，尽管它 们氨基酸序列相同，但在 基因水平上，核苷酸序列 可能不一样
密码子使用偏好 在随机或者无自然选择的情况下,各个密码子出现 频率将大致相等; 冂密码子偏好:各个物种中,编码同一氨基酸的不 同同义密码子的频率非常不一致; 密码子使用的偏嗜性是物种的特征。对基因组中某 些基因的密码子偏嗜性进行统计分析,有可能揭示 微生物基因组中通过水平转移而获得的基因
密码子使用偏好 在随机或者无自然选择的情况下，各个密码子出现 频率将大致相等; 密码子偏好：各个物种中，编码同一氨基酸的不 同同义密码子的频率非常不一致; 密码子使用的偏嗜性是物种的特征。对基因组中某 些基因的密码子偏嗜性进行统计分析，有可能揭示 微生物基因组中通过水平转移而获得的基因