Biological knowledge and contradictory issues Systems Biology Data- and Research Experiment hypothesis. data analysis driven modeling Cycle vision "Wet" experiments Dry"experiments (simulation) Experiment design and System analysis experimental and theory device formation development Predictions 2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University 16
2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University 16 Systems Biology Research Cycle Vision
系统生物学的特点 >Integrative approach (整合性研究) >Large experimental datasets (大量的实验数据) >Predictive modelling (预测性模型) Interdisciplinarity (多学科交叉) 2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University 17
2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University 17 系统生物学的特点 ¾Integrative approach (整合性研究 ) ¾Large experimental datasets (大量的实验数据 ) ¾Predictive modelling (预测性模型 ) ¾ Interdisciplinarity (多学科交叉 )
整合是系统生物学的灵魂 信息整合 -研究思路整合 方法的整合 Systems biology is an integrated process Quantitative experiments System analysis s Technology development for experiments Computational modeling 2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University 18
2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University 18 整合是系统生物学的灵魂 信息整合 研究思路整合 方法的整合 Systems biology is an integrated process ¾ Quantitative experiments ¾ System analysis ¾ Technology development for experiments ¾ Computational modeling
两大类型的信息整合 第一类信息是指编码蛋白质的基因 ·第二类信息是指控制基因行为的调控网络。 生物信息是有等级次序,沿着不同的层次流 动 DNA→mRNA→蛋白质→蛋白质相互作用网络 细胞→器官→个体→群体→生态。 每个层次信息都对理解生命系统运行提供有 用的视角。 系统生物学的重要任务就是要尽可能地获得 每个层次的信息并将它们进行整合 2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University
2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University 19 两大类型的信息整合 • 第一类信息是指编码蛋白质的基因 • 第二类信息是指控制基因行为的调控网络。 生物信息是有等级次序，沿着不同的层次流 动。 DNA→mRNA→蛋白质→蛋白质相互作用网络 →细胞→器官→个体→群体→ 生态。 每个层次信息都对理解生命系统运行提供有 用的视角。 系统生物学的重要任务就是要尽可能地获得 每个层次的信息并将它们进行整合
整合的内容: Factor comprehensiveness 系统內不同性质的构成要素的整合,如基因 mRNA、蛋白质、生物小分子等 Time-line comprehensiveness the time frame within which measurements are made时间系列的整合 Item comprehensiveness such as mRNA and protein concentrations phosphorylation要素变化的整合 总之,对多细胞生物而言,实现从基因到细胞、 组织、器官、系统、个体的各个层次的整合。 2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University
2005-3-24 Chaoqun Wu, Fudan University 20 整合的内容： Factor comprehensiveness: 系统内不同性质的构成要素的整合,如基因、 mRNA、蛋白质、生物小分子等 Time-line comprehensiveness: the time frame within which measurements are made 时间系列的整合 Item comprehensiveness: such as mRNA and protein concentrations, phosphorylation 要素变化的整合 总之，对多细胞生物而言，实现从基因到细胞、 组织、器官、系统、个体的各个层次的整合