第三军医大学基础部 Data generation 1) mRNA or totaI RNA 1 Raw reads [2 Remove contaminant DNA RNA-Seq 2 Remove artefacts Remove rRNA? 3)Fragment RNA 3 Correct errors(o 4 Re 4 Assemble into transcripts Strand-specific RNA-seq? 岛ms s Post-process transcripts PCR amplification? 6 Select a range of sizes 6) ALign reads to transcripts (7 Sequence cDNA ends
RNA-Seq
第三军医大学基础部 Single Cell Sequencing
第三军医大学基础部 Mass spectrometry
Mass spectrometry 13
第三军医大学基础部 主要内容 筛选/鉴定差异基因 基因表达鉴定 人工改变基因表达 1.缺失性功能研究 2.获得性功能研究 四.基因差异导致疾病的分子机制
主要内容 一． 筛选/鉴定差异基因 二． 基因表达鉴定 三． 人工改变基因表达 1. 缺失性功能研究 2. 获得性功能研究 四． 基因差异导致疾病的分子机制
第三军医大学基础部 鉴定差异基因 mRNA水平: 荧光定量PCR 原位杂交 蛋白水平 Western blot 荧光显微镜/激光共聚焦
二、鉴定差异基因 • mRNA水平： – 荧光定量PCR – 原位杂交 • 蛋白水平 – Western blot – 荧光显微镜/激光共聚焦