第一章绪论 生物化学的的概念: 生物化学( biochemistry)是利用化学的原理与方法去探讨生命的一门科学,它是 介于化学、生物学及物理学之间的一门边缘学科。 生物化学的发展 1.叙述生物化学阶段:是生物化学发展的萌芽阶段,其主要的工作是分析和研 究生物体的组成成分以及生物体的分泌物和排泄物。 2.动态生物化学阶段:是生物化学蓬勃发展的时期。就在这一时期,人们基本 上弄清了生物体内各种主要化学物质的代谢途径。 3.分子生物学阶段:这一阶段的主要研究工作就是探讨各种生物大分子的结构 与其功能之间的关系 三、生物化学研究的主要方面: 1.生物体的物质组成:高等生物体主要由蛋白质、核酸、糖类、脂类以及水、 无机盐等组成,此外还含有一些低分子物质。 2.物质代谢:物质代谢的基本过程主要包括三大步骤:消化、吸收→中间代谢 排泄。其中,中间代谢过程是在细胞内进行的,最为复杂的化学变化过程,它 包括合成代谢,分解代谢,物质互变,代谢调控,能量代谢几方面的内容。 3.细胞信号转导:细胞内存在多条信号转导途径,而这些途径之间通过一定的 方式方式相互交织在一起,从而构成了非常复杂的信号转导网络,调控细胞的代 谢、生理活动及生长分化。 4.生物分子的结构与功能:通过对生物大分子结构的理解,揭示结构与功能之 间的关系。 5.遗传与繁殖:对生物体遗传与繁殖的分子机制的硏究,也是现代生物化学与 分子生物学研究的一个重要内容。 第二章蛋白质的结构与功能 氨基酸 1.结构特点:氨基酸 amino acid)是蛋白质分子的基本组成单位。构成天然蛋白 质分子的氨基酸约有20种,除脯氨酸为α-亚氨基酸、甘氨酸不含手性碳原子外, 其余氨基酸均为L-a-氨基酸
第一章 绪论 一、生物化学的的概念： 生物化学（biochemistry)是利用化学的原理与方法去探讨生命的一门科学，它是 介于化学、生物学及物理学之间的一门边缘学科。 二、生物化学的发展： 1．叙述生物化学阶段：是生物化学发展的萌芽阶段，其主要的工作是分析和研 究生物体的组成成分以及生物体的分泌物和排泄物。 2．动态生物化学阶段：是生物化学蓬勃发展的时期。就在这一时期，人们基本 上弄清了生物体内各种主要化学物质的代谢途径。 3．分子生物学阶段：这一阶段的主要研究工作就是探讨各种生物大分子的结构 与其功能之间的关系。 三、生物化学研究的主要方面： 1．生物体的物质组成：高等生物体主要由蛋白质、核酸、糖类、脂类以及水、 无机盐等组成，此外还含有一些低分子物质。 2．物质代谢：物质代谢的基本过程主要包括三大步骤：消化、吸收→中间代谢 →排泄。其中，中间代谢过程是在细胞内进行的，最为复杂的化学变化过程，它 包括合成代谢，分解代谢，物质互变，代谢调控，能量代谢几方面的内容。 3．细胞信号转导：细胞内存在多条信号转导途径，而这些途径之间通过一定的 方式方式相互交织在一起，从而构成了非常复杂的信号转导网络，调控细胞的代 谢、生理活动及生长分化。 4．生物分子的结构与功能：通过对生物大分子结构的理解，揭示结构与功能之 间的关系。 5．遗传与繁殖：对生物体遗传与繁殖的分子机制的研究，也是现代生物化学与 分子生物学研究的一个重要内容。 第二章 蛋白质的结构与功能 一、 氨基酸： 1．结构特点：氨基酸(amino acid)是蛋白质分子的基本组成单位。构成天然蛋白 质分子的氨基酸约有 20 种，除脯氨酸为α-亚氨基酸、甘氨酸不含手性碳原子外， 其余氨基酸均为 L-α-氨基酸
2.分类:根据氨基酸的R基团的极性大小可将氨基酸分为四类:①非极性中 性氨基酸(8种);②极性中性氨基酸(7种;③酸性氨基酸(Gu和Asp);④碱 性氨基酸(Lys、Arg和His) 、肽键与肽链 肽键( peptide bond)是指由一分子氨基酸的a-羧基与另一分子氨基酸的α-氨基经 脱水而形成的共价键(CONH-)。氨基酸分子在参与形成肽键之后,由于脱水而 结构不完整,称为氨基酸残基。每条多肽链都有两端:即自由氨基端(N端)与自 由羧基端(C端),肽链的方向是N端→C端 三、肽键平面(肽单位): 肽键具有部分双键的性质,不能自由旋转;组成肽键的四个原子及其相邻的两个 碳原子处在同一个平面上,为刚性平面结构,称为肽键平面 四、蛋白质的分子结构: 蛋白质的分子结构可人为分为一级、二级、三级和四级结构等层次。一级结构为 线状结构,二、三、四级结构为空间结构。 1.一级结构:指多肽链中氨基酸的排列顺序,其维系键是肽键。蛋白质的一级 结构决定其空间结构。 2.二级结构:指多肽链主链骨架盘绕折叠而形成的构象,借氢键维系。主要有 以下几种类型: (1)α-螺旋:其结构特征为:①主链骨架围绕中心轴盘绕形成右手螺旋;②螺旋 每上升一圈是36个氨基酸残基,螺距为0.54nm;③相邻螺旋圈之间形成许多 氢键;④侧链基团位于螺旋的外侧。 影响α-螺旋形成的因素主要是:①存在侧链基团较大的氨基酸残基;②连续 存在带相同电荷的氨基酸残基;③存在脯氨酸残基 (2)β-折叠:其结构特征为:①若干条肽链或肽段平行或反平行排列成片;②所 有肽键的C=O和N-H形成链间氢键:③侧链基团分别交替位于片层的上、下 (3)β-转角:多肽链180°回折部分,通常由四个氨基酸残基构成,借1、4残基 之间形成氢键维系。 (4)无规卷曲:主链骨架无规律盘绕的部分
2．分类：根据氨基酸的 R 基团的极性大小可将氨基酸分为四类：① 非极性中 性氨基酸(8 种)；② 极性中性氨基酸(7 种)；③ 酸性氨基酸(Glu 和 Asp)；④ 碱 性氨基酸(Lys、Arg 和 His)。 二、 肽键与肽链： 肽键(peptide bond)是指由一分子氨基酸的α-羧基与另一分子氨基酸的α-氨基经 脱水而形成的共价键(-CO-NH-)。氨基酸分子在参与形成肽键之后，由于脱水而 结构不完整，称为氨基酸残基。每条多肽链都有两端：即自由氨基端(N 端)与自 由羧基端(C 端)，肽链的方向是 N 端→C 端。 三、肽键平面(肽单位)： 肽键具有部分双键的性质，不能自由旋转；组成肽键的四个原子及其相邻的两个 α碳原子处在同一个平面上，为刚性平面结构，称为肽键平面。 四、蛋白质的分子结构： 蛋白质的分子结构可人为分为一级、二级、三级和四级结构等层次。一级结构为 线状结构，二、三、四级结构为空间结构。 1．一级结构：指多肽链中氨基酸的排列顺序，其维系键是肽键。蛋白质的一级 结构决定其空间结构。 2．二级结构：指多肽链主链骨架盘绕折叠而形成的构象，借氢键维系。主要有 以下几种类型： ⑴α-螺旋：其结构特征为：①主链骨架围绕中心轴盘绕形成右手螺旋；②螺旋 每上升一圈是 3.6 个氨基酸残基，螺距为 0.54nm；③ 相邻螺旋圈之间形成许多 氢键；④ 侧链基团位于螺旋的外侧。 影响α-螺旋形成的因素主要是：① 存在侧链基团较大的氨基酸残基；② 连续 存在带相同电荷的氨基酸残基；③ 存在脯氨酸残基。 ⑵β-折叠：其结构特征为：① 若干条肽链或肽段平行或反平行排列成片；② 所 有肽键的 C=O 和 N—H 形成链间氢键；③侧链基团分别交替位于片层的上、下 方。 ⑶β-转角：多肽链 180°回折部分，通常由四个氨基酸残基构成，借 1、4 残基 之间形成氢键维系。 ⑷无规卷曲：主链骨架无规律盘绕的部分
3.三级结构:指多肽链所有原子的空间排布。其维系键主要是非共价键(次级 键):氢键、疏水键、范德华力、离子键等,也可涉及二硫键 4.四级结构:指亚基之间的立体排布、接触部位的布局等,其维系键为非共价 键。亚基是指参与构成蛋白质四级结构的而又具有独立三级结构的多肽链。 五、蛋白质的理化性质 1.两性解离与等电点:蛋白质分子中仍然存在游离的氨基和游离的羧基,因此 蛋白质与氨基酸一样具有两性解离的性质。蛋白质分子所带正、负电荷相等时溶 液的pH值称为蛋白质的等电点。 2.蛋白质的胶体性质:蛋白质具有亲水溶胶的性质。蛋白质分子表面的水化膜 和表面电荷是稳定蛋白质亲水溶胶的两个重要因素 3.蛋白质的紫外吸收:蛋白质分子中的色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸残基对紫外 光有吸收,以色氨酸吸收最强,最大吸收峰为280nm 4.蛋白质的变性:蛋白质在某些理化因素的作用下,其特定的空间结构被破坏 而导致其理化性质改变及生物活性丧失,这种现象称为蛋白质的变性。引起蛋白 质变性的因素有:髙温、高压、电离辐射、超声波、紫外线及有机溶剂、重金属 盐、强酸强碱等。绝大多数蛋白质分子的变性是不可逆的。 六、蛋白质的分离与纯化 1.盐析与有机溶剂沉淀:在蛋白质溶液中加入大量中性盐,以破坏蛋白质的胶 体性质,使蛋白质从溶液中沉淀析出,称为盐析。常用的中性盐有:硫酸铵、氯 化钠、硫酸钠等。盐析时,溶液的p在蛋白质的等电点处效果最好。凡能与水 以任意比例混合的有机溶剂,如乙醇、甲醇、丙酮等,均可引起蛋白质沉淀, 2.电泳:蛋白质分子在高于或低于其pI的溶液中带净的负或正电荷,因此在电 场中可以移动。电泳迁移率的大小主要取决于蛋白质分子所带电荷量以及分子大 小 3.透析:利用透析袋膜的超滤性质,可将大分子物质与小分子物质分离开。 4.层析:利用混合物中各组分理化性质的差异,在相互接触的两相(固定相与 流动相)之间的分布不同而进行分离。主要有离子交换层析,凝胶层析,吸附层 析及亲和层析等,其中凝胶层析可用于测定蛋白质的分子量。 5.超速离心:利用物质密度的不同,经超速离心后,分布于不同的液层而分离
3．三级结构：指多肽链所有原子的空间排布。其维系键主要是非共价键（次级 键）：氢键、疏水键、范德华力、离子键等，也可涉及二硫键。 4．四级结构：指亚基之间的立体排布、接触部位的布局等，其维系键为非共价 键。亚基是指参与构成蛋白质四级结构的而又具有独立三级结构的多肽链。 五、 蛋白质的理化性质： 1．两性解离与等电点：蛋白质分子中仍然存在游离的氨基和游离的羧基，因此 蛋白质与氨基酸一样具有两性解离的性质。蛋白质分子所带正、负电荷相等时溶 液的 pH 值称为蛋白质的等电点。 2．蛋白质的胶体性质：蛋白质具有亲水溶胶的性质。蛋白质分子表面的水化膜 和表面电荷是稳定蛋白质亲水溶胶的两个重要因素。 3．蛋白质的紫外吸收：蛋白质分子中的色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸残基对紫外 光有吸收，以色氨酸吸收最强，最大吸收峰为 280nm。 4．蛋白质的变性：蛋白质在某些理化因素的作用下，其特定的空间结构被破坏 而导致其理化性质改变及生物活性丧失，这种现象称为蛋白质的变性。引起蛋白 质变性的因素有：高温、高压、电离辐射、超声波、紫外线及有机溶剂、重金属 盐、强酸强碱等。绝大多数蛋白质分子的变性是不可逆的。 六、蛋白质的分离与纯化： 1．盐析与有机溶剂沉淀：在蛋白质溶液中加入大量中性盐，以破坏蛋白质的胶 体性质，使蛋白质从溶液中沉淀析出，称为盐析。常用的中性盐有：硫酸铵、氯 化钠、硫酸钠等。盐析时，溶液的 pH 在蛋白质的等电点处效果最好。凡能与水 以任意比例混合的有机溶剂，如乙醇、甲醇、丙酮等，均可引起蛋白质沉淀。 2．电泳：蛋白质分子在高于或低于其 pI 的溶液中带净的负或正电荷，因此在电 场中可以移动。电泳迁移率的大小主要取决于蛋白质分子所带电荷量以及分子大 小。 3．透析：利用透析袋膜的超滤性质，可将大分子物质与小分子物质分离开。 4．层析：利用混合物中各组分理化性质的差异，在相互接触的两相（固定相与 流动相）之间的分布不同而进行分离。主要有离子交换层析，凝胶层析，吸附层 析及亲和层析等，其中凝胶层析可用于测定蛋白质的分子量。 5．超速离心：利用物质密度的不同，经超速离心后，分布于不同的液层而分离
超速离心也可用来测定蛋白质的分子量,蛋白质的分子量与其沉降系数S成正 比 七、氨基酸顺序分析: 蛋白质多肽链的氨基酸顺序分析,即蛋白质一级结构的测定,主要有以下几个步 骤 1.分离纯化蛋白质,得到一定量的蛋白质纯品 2.取一定量的样品进行完全水解,再测定蛋白质的氨基酸组成 3.分析蛋白质的N-端和C-端氨基酸: 4.采用特异性的酶(如胰凝乳蛋白酶)或化学试剂?匚玟寤瑁-鞍字蚀砦 舾商蹼亩危? 5.分离纯化单一肽段; 6.测定各条肽段的氨基酸顺序。一般采用 Edman降解法,用异硫氰酸苯酯进行 反应,将氨基酸降解后,逐一进行测定; 7.至少用两种不同的方法处理蛋白质,分别得到其肽段的氨基酸顺序 8将两套不同肽段的氨基酸顺序进行比较,以获得完整的蛋白质分子的氨基酸 顺序。 第三章核酸的结构与功能 、核酸的化学组成 1.含氮碱:参与核酸和核苷酸构成的含氮碱主要分为嘌呤碱和嘧啶碱两大类 组成核苷酸的嘧啶碱主要有三种—一尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T), 它们都是嘧啶的衍生物。组成核苷酸的嘌呤碱主要有两种—一腺嘌呤(A)和鸟 嘌呤(G),它们都是嘌呤的衍生物。 2.戊糖:核苷酸中的戊糖主要有两种,即β-D-核糖与β-D-2-脱氧核糖,由此 构成的核苷酸也分为核糖核苷酸与脱氧核糖核酸两大类 3.核苷:核苷是由戊糖与含氮碱基经脱水缩合而生成的化合物。通常是由核糖 或脱氧核糖的C1’′β-羟基与嘧啶碱N或嘌呤碱N9进行缩合,故生成的化学 键称为β,N糖苷键。其中由D-核糖生成者称为核糖核苷,而由脱氧核糖生成 者则称为脱氧核糖核苷。由“稀有碱基”所生成的核苷称为“稀有核苷”。假尿 苷(ψ)就是由D-核糖的C1’与尿嘧啶的C5相连而生成的核苷
超速离心也可用来测定蛋白质的分子量，蛋白质的分子量与其沉降系数 S 成正 比。 七、氨基酸顺序分析： 蛋白质多肽链的氨基酸顺序分析，即蛋白质一级结构的测定，主要有以下几个步 骤： 1. 分离纯化蛋白质，得到一定量的蛋白质纯品； 2. 取一定量的样品进行完全水解，再测定蛋白质的氨基酸组成； 3. 分析蛋白质的 N-端和 C-端氨基酸； 4. 采用特异性的酶（如胰凝乳蛋白酶）或化学试剂?ㄈ玟寤 瑁┙ 鞍字蚀 砦 舾商蹼亩危? 5. 分离纯化单一肽段； 6. 测定各条肽段的氨基酸顺序。一般采用 Edman 降解法，用异硫氰酸苯酯进行 反应，将氨基酸降解后，逐一进行测定； 7. 至少用两种不同的方法处理蛋白质，分别得到其肽段的氨基酸顺序； 8. 将两套不同肽段的氨基酸顺序进行比较，以获得完整的蛋白质分子的氨基酸 顺序。 第三章 核酸的结构与功能 一、核酸的化学组成： 1．含氮碱：参与核酸和核苷酸构成的含氮碱主要分为嘌呤碱和嘧啶碱两大类。 组成核苷酸的嘧啶碱主要有三种——尿嘧啶（U）、胞嘧啶（C）和胸腺嘧啶（T）， 它们都是嘧啶的衍生物。组成核苷酸的嘌呤碱主要有两种——腺嘌呤（A）和鸟 嘌呤（G），它们都是嘌呤的衍生物。 2．戊糖：核苷酸中的戊糖主要有两种，即β-D-核糖与β-D-2-脱氧核糖，由此 构成的核苷酸也分为核糖核苷酸与脱氧核糖核酸两大类。 3．核苷：核苷是由戊糖与含氮碱基经脱水缩合而生成的化合物。通常是由核糖 或脱氧核糖的 C1’ β-羟基与嘧啶碱 N1 或嘌呤碱 N9 进行缩合，故生成的化学 键称为β，N 糖苷键。其中由 D-核糖生成者称为核糖核苷，而由脱氧核糖生成 者则称为脱氧核糖核苷。由“稀有碱基”所生成的核苷称为“稀有核苷”。假尿 苷（ψ）就是由 D-核糖的 C1’ 与尿嘧啶的 C5 相连而生成的核苷
、核苷酸的结构与命名 核苷酸是由核苷与磷酸经脱水缩合后生成的磷酸酯类化合物,包括核糖核苷酸和 脱氧核糖核酸两大类。最常见的核苷酸为5’-核苷酸(5′’常被省略)。5’-核 苷酸又可按其在5′位缩合的磷酸基的多少,分为一磷酸核苷(核苷酸)、二磷 酸核苷和三磷酸核苷。 此外,生物体内还存在一些特殊的环核苷酸,常见的为环一磷酸腺苷(cAMP) 和环一磷酸鸟苷(cGMP),它们通常是作为激素作用的第二信使。 核苷酸通常使用缩写符号进行命名。第一位符号用小写字母d代表脱氧,第二位 用大写字母代表碱基,第三位用大写字母代表磷酸基的数目,第四位用大写字母 P代表磷酸。 三、核酸的一级结构: 核苷酸通过3’,5’-磷酸二酯键连接起来形成的不含侧链的多核苷酸长链化合物 就称为核酸。核酸具有方向性,5’-位上具有自由磷酸基的末端称为5’-端,3′ 位上具有自由羟基的末端称为3’-端 DNA由dAMP、dGMP、dCMP和dIMP四种脱氧核糖核苷酸所组成。DNA的 级结构就是指DNA分子中脱氧核糖核苷酸的种类、数目、排列顺序及连接方 式。RNA由AMP,GMP,CMP,UMP四种核糖核苷酸组成。RNA的一级结构 就是指RNA分子中核糖核苷酸的种类、数目、排列顺序及连接方式。 四、DNA的二级结构 DNA双螺旋结构是DNA二级结构的一种重要形式,它是 Watson和 Crick两位 科学家于1953年提出来的一种结构模型,其主要实验依据是 Chargaff 1究小组 对DNA的化学组成进行的分析研究,即DNA分子中四种碱基的摩尔百分比为 A=T、G=C、A+G=TC( chargaff原则),以及由 Wilkins研究小组完成的DNA 晶体X线衍射图谱分析。 天然DNA的二级结构以B型为主,其结构特征为:①为右手双螺旋,两条链以 反平行方式排列;②主链位于螺旋外侧,碱基位于内侧;③两条链间存在碱基互 补,通过氢键连系,且A-T、G-C(碱基互补原则);④螺旋的稳定因素为氢键 和碱基堆砌力;⑤螺旋的螺距为34nm,直径为2nm 五、DNA的超螺旋结构:
二、核苷酸的结构与命名： 核苷酸是由核苷与磷酸经脱水缩合后生成的磷酸酯类化合物，包括核糖核苷酸和 脱氧核糖核酸两大类。最常见的核苷酸为 5’-核苷酸（5’ 常被省略）。5’-核 苷酸又可按其在 5’位缩合的磷酸基的多少，分为一磷酸核苷（核苷酸）、二磷 酸核苷和三磷酸核苷。 此外，生物体内还存在一些特殊的环核苷酸，常见的为环一磷酸腺苷（cAMP） 和环一磷酸鸟苷（cGMP），它们通常是作为激素作用的第二信使。 核苷酸通常使用缩写符号进行命名。第一位符号用小写字母 d 代表脱氧，第二位 用大写字母代表碱基，第三位用大写字母代表磷酸基的数目，第四位用大写字母 P 代表磷酸。 三、核酸的一级结构： 核苷酸通过 3’,5’-磷酸二酯键连接起来形成的不含侧链的多核苷酸长链化合物 就称为核酸。核酸具有方向性，5’-位上具有自由磷酸基的末端称为 5’-端，3’ -位上具有自由羟基的末端称为 3’-端。 DNA 由 dAMP、dGMP、dCMP 和 dTMP 四种脱氧核糖核苷酸所组成。DNA 的 一级结构就是指 DNA 分子中脱氧核糖核苷酸的种类、数目、排列顺序及连接方 式。RNA 由 AMP，GMP，CMP，UMP 四种核糖核苷酸组成。RNA 的一级结构 就是指 RNA 分子中核糖核苷酸的种类、数目、排列顺序及连接方式。 四、DNA 的二级结构： DNA 双螺旋结构是 DNA 二级结构的一种重要形式，它是 Watson 和 Crick 两位 科学家于 1953 年提出来的一种结构模型，其主要实验依据是 Chargaff 研究小组 对 DNA 的化学组成进行的分析研究，即 DNA 分子中四种碱基的摩尔百分比为 A=T、G=C、A+G=T+C（Chargaff 原则），以及由 Wilkins 研究小组完成的 DNA 晶体 X 线衍射图谱分析。 天然 DNA 的二级结构以 B 型为主，其结构特征为：①为右手双螺旋，两条链以 反平行方式排列；②主链位于螺旋外侧，碱基位于内侧；③两条链间存在碱基互 补，通过氢键连系，且 A-T、G-C（碱基互补原则）； ④螺旋的稳定因素为氢键 和碱基堆砌力；⑤螺旋的螺距为 3.4nm，直径为 2nm。 五、DNA 的超螺旋结构：