基因功能注释简介 o同源序列比对探寻基因功能 比对工具bast 基因功能注释数据库 ●nr、nt、 Uniprot COG、 Interproscan、 Kegg, Go
基因功能注释简介 同源序列比对探寻基因功能 比对工具blast 基因功能注释数据库 nr、nt、Uniprot COG、interproscan、Kegg、GO
BLAST o Basic Local alignment Search Tool (Blast) 结合了动态规划算法和间接的启发式算法的优点,同时 把数据库检索建立在严格的统计学基础之上,是目前最 常用的同源检索工具。 局部比对软件 比对比较精确细致 用来做同源序列比对,进行基因功能注释 ●耗时较长
BLAST Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) 结合了动态规划算法和间接的启发式算法的优点，同时 把数据库检索建立在严格的统计学基础之上，是目前最 常用的同源检索工具。 局部比对软件 比对比较精确细致 用来做同源序列比对，进行基因功能注释 耗时较长
BLAST简介 o命令及参数简介 建库命令( formatdb) 比对类型,5种不同的比对程序 程序名查询序列类型查询数据库类型 应用 blastp蛋白质 蛋白质 使用取代矩阵寻找较远 关系 blastn核酸 核酸 寻找较高分值的匹配 对较远关系不太适用 basK核酸(翻译)蛋白质 用于分析新的cDNA序列 EST tblastn蛋白质 核酸(翻译) 用于寻找数据库中没有 标注的编码区 tblastx核酸(翻译)核酸(翻译) 用于更进一步的分析EST
BLAST简介 命令及参数简介 建库命令（formatdb） 比对类型，5种不同的比对程序 程序名 查询序列类型 查询数据库类型 应用 blastp 蛋白质 蛋白质 使用取代矩阵寻找较远 关系 blastn 核酸 核酸 寻找较高分值的匹配， 对较远关系不太适用 blastx 核酸（翻译） 蛋白质 用于分析新的cDNA序列 或EST tblastn 蛋白质 核酸（翻译） 用于寻找数据库中没有 标注的编码区 tblastx 核酸（翻译） 核酸（翻译） 用于更进一步的分析EST
BLAST结果简介 O BLASt比对结果详解 Asx2,225Be2-01-2011 软件版本 Reference: Altschul, stephen F, Thomas I. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman(1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search rograms", Nucleic Acids Res.25.2289-24 Query= Kale Unigene_ BMK. 37801 888 letters 查询序列信息 Database: genes. pep 6,181,5529 equences;2,219,841,672 total1 etters+比对数据库信息 比对的e值 序列信息 equences producing significant alignments 比对打分48cre (bits川Va1ue ath:AT1G52320 hypothetical protein 3483e-94 pop: POPTR799644 hypothetical protein 2445e-63 op: POPTR797530 hypothetical protei 2377e-61
BLAST结果简介 BLAST比对结果详解 14
NCBI NR&Nt o nt(Non-redundant protein sequences 包含 Gen bank所有编码序列,以及PDB, swissprot,PIR, PRF数据库的所有编码序列的一个非冗余数据库,数据库 完整度高,氨基酸序列数据库。 o nt(Nucleotide collection 包含 Gen bank和PDB中(不包含EST,STS,GSS)的所有 核苷酸序列信息,存在冗余的数据库,数据库完整度高
NR&NT nr（Non-redundant protein sequences） 包含GenBank所有编码序列，以及PDB，swissprot，PIR， PRF数据库的所有编码序列的一个非冗余数据库，数据库 完整度高，氨基酸序列数据库。 nt（Nucleotide collection） 包含GenBank和PDB中（不包含EST，STS，GSS）的所有 核苷酸序列信息，存在冗余的数据库，数据库完整度高