Host cell 核衣壳蛋白(N) 棘突蛋白(S) 99 RNA modifications detected using SARS-CoV-2 nanopore direct RNA sequencing RNA AAGAA 包膜蛋白(E) G 膜蛋白(M) Envelope Protein ORF1ab Viral genomic RNA Membrane Protein AAGAA-type Canonical subgenomic RNAs modification cluster s Nucleocapsid Protein w2 Spike Protein 7a Lipid Membrane 8 Noncanonical subgenomic RNAs ACE2 TMPR552 Truncated fusion Frameshifted ORF Body-to-body junction Host Cell
病毒序列分析 FEATURES Location/Qualifiers source 1..29903 nSevereceatorydrooe coronavirus mol type="Renceic然 isolate="Wuhan-Hu-l" 非翻译区域 host=Hono sapiens db_xref-"taxon: country Chipa" attRaagatt tatacettec caotoncaa nccaaccanc ttteeatete ttatagaret collection_date="Dec-3 cacpcagtat aattaataac teattartit crttracagr acaceartaa ctegtctatc 1.265 12 181 ttetgcagge tgettacggt ttegtecgta ttgcagecga teatcegcac atetaggttt DNA转录成mRNA,mRNA经剪接 266,.21555 gene=ORFlab" 301 1ocu5-t8g=C28001 361 agactecgtg gaggaestet tatcagagse acgtcaacat cttasogatg gcacttgtgg 等加工后翻译出蛋白质，所 db xref="GeneID:43740578 56in266.13468.13468.21555 48 谓CDS就是与蛋白质序列一 gene=ORFlab 541 cgaagacatt cagtacgste gtagtggtga gacacttggt gtccttgtcc ctcatgtagg locus_tag="G280_gp01 编码序列 一对应的DNA序列，且该序列 ribosomal_slippage 721 tccttatgaa gattttcaag ssaactgraa cactaaacat agcagtggtg ttacccgtga note pplab:traaslated by-1 ribosocal frameshift" 中间不含其它非该蛋白质对 codon_start=1 84 preduct="0RFlab polyproteln' trractttat tescactaar aggggtatat actgetpceg protein id")P 009721399.1 961 tgoncatgag catgnaattg cttagtacac 应的序列，不考虑mRNA加工 db xrof="GoneID:43740578" 102 trans1at1oo=VESLVPGFNEKTHVQLSLPYLOVRDYLVRGFCDSVEEVLSEARQ l0g】tittgtattt 等过程中的序列变化 TLGVLVPHVGEIPVAYRKVLLRKNGNKGAGGHSYGADLKSFDLGDELGTDPYEDFQEN LDFIDTERGNYOCREHEHEIAWYTERSEKSYELOTPFETKLAKKFDTFNGECPNFVFF atgt gaataccata LNSIIKTIQPRVEKKKLDGFMGRIRSVYPVASPNECNQMCLSTLMKCDHCGETSWO LMHRACCRHSCCCVESPLCANCPEHSTANCOTGGECSECL 156】ttgt 414 ITILDGISQYSLRLIDAMMFTSDLATNNLVVMAYITGGVVOLTSOALTXIFGTVYEKL 180】aa8a8a rctanssaag Etrccteraa tettagtgna cagesatcan tactgaztcc 931 natttcacar tattcacta cectcattra tectatgatr ttcocatctg atttgestac 2041 tancaateta gttgtaatag cctacattae aggtagtgtt gttearttga ettegeaatg
病毒序列分析 非翻译区域 编码序列 DNA转录成mRNA，mRNA经剪接 等加工后翻译出蛋白质，所 谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列，且该序列 中间不含其它非该蛋白质对 应的序列，不考虑mRNA加工 等过程中的序列变化
刺突蛋白S 刺突蛋白是形成冠状病毒外层，并保护内部RNA的四种结构蛋白S,E,M和N之一的蛋白。 通过形成三聚体，S蛋白在病毒表面上形成明显的刺突。刺突的一部分可以延伸并附着在 ACE2的蛋白质上（图中为为黄色），然后病毒可以入侵细胞。SARS-CoV-2的刺突蛋白基因 中插入了12个碱基：ccucggcgggca。这种突变或有助于刺突与人类细胞更加紧密结合。目 前许多科研团队正在设计药物用来阻止刺突蛋白附着在人体细胞上
包膜蛋白，E 包膜蛋白是一种结构蛋白。一旦病毒进入细胞内部，它可以锁定蛋白质，从而帮助打开和关闭 被感染纽胞的基因组， 包陕蛋白 核衣壳蛋白N N蛋白可以保护病番RNA,使其在病毒内部保特稳定。许多N蛋白以长蝶旋形连接在一起，包 表RNA 膜蛋白M 形成病毒外壳的另一种结构蛋白
0R1F编码的16个蛋白 被SARS-CoV-2感染的细胞内部产生的第一个病毒蛋白实际上是16种蛋白质结合在 一起的蛋白链（见上图）。其中的2两种蛋白像剪刀一样把16种蛋白从蛋白链上释放出 来。 细胞破坏分子，NSP1 神秘蛋白·NSP2 这种蛋白质会减慢受感染细胞自身蛋白质的产生，这种破坏行为会迫使细胞产生更多的病毒蛋 尚不能确定NSP2的功能。它附着的蛋白质可能会提供一些线案，其中两个有助于内体的移 白。 动
OR1F编码的 16个蛋白 被SARS-CoV-2感染的细胞内部产生的第一个病毒蛋白实际上是16种蛋白质结合在 一起的蛋白链(见上图)。其中的2两种蛋白像剪刀一样把16种蛋白从蛋白链上释放出 来