浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 生物信息数据分析技能培训 第二天计算机基础技能培训 (一)lnux基础知识 主讲人:张钊
第二天 计算机基础技能培训 （一）linux基础知识 主讲人：张钊 生物信息数据分析技能培训
浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 如何安装常用的生物信息学工具 认识iux→目录结构文件权限聊搜索路径 1下载 2解压→3安装 4配置 ·下载什么 打包与压 安装包格 ·设置路径 如何下载 缩 式 ·设置别名 命令学习 ·压缩包格 安装方式 ·设置权限 式 ·命令学习 命令学习 ·如何解压 ·命令学习 安装 tophat( RNA-seq中测序数据read比对工具) 安装 samtools(比对结果解析工具)
认识linux 目录结构 文件权限 搜索路径 如何安装常用的生物信息学工具 1 下载 • 下载什么 • 如何下载 • 命令学习 2 解压 • 打包与压 缩 • 压缩包格 式 • 如何解压 • 命令学习 3 安装 • 安装包格 式 • 安装方式 • 命令学习 4 配置 • 设置路径 • 设置别名 • 设置权限 • 命令学习 ➢ 安装tophat （RNA-seq中测序数据read比对工具） ➢ 安装samtools （比对结果解析工具）
浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 操作系统分类 Solaris( SUN, CPU: Sparc AIX( IBM, CPU: PowerPC UNIX HP-UX FreeBSD/OpenBSD Windows 2003, 2008 服务器操作系统 RedHat Centos Linux debian ubunut opens Mac
操作系统分类
浙江省生物信息学学会 Ming Chen' a Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University Linux shell 各种应用程序 作系线最外,可刑应用程序的件邮 以标为se《台行和界面 sh 系统调用(接口) 操作系统用管调用褪件,包内 bash 内核 所说的“操作系续”也钰了应用程 v ksh 硬件 zsh v csh tcsh √其它 she航是一类软件,介于用户和操作系统之间,负责将用户 的命令解释为操作系统可以认识的低级语言,并将操作系统 响应的信息以用户可以解释的方式显示的软件。 ●想象成一个壳层,这个壳层的里面是操作系统内核软件,壳 层的外面是一些用户指令
Linux Shell ⚫ shell就是一类软件，介于用户和操作系统之间，负责将用户 的命令解释为操作系统可以认识的低级语言，并将操作系统 响应的信息以用户可以解释的方式显示的软件。 ⚫ 想象成一个 壳层，这个壳层的里面是操作系统内核软件，壳 层的外面是一些用户指令 ✓ sh ✓ bash ✓ ksh ✓ zsh ✓ csh ✓ tcsh ✓ 其它
浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University Linux的目录结构 寺會用到的指 核心棉案( vmlinuz) 」令/ binbin是 binary的缩写。这个 grub 目录是对UNIX系统习惯的沿袭, 似 dev null devise等装置 存放着使用者最经常使用的命令。 init.d 例如:cp,ls,cat等。 h[g/boot这里存放的是启动 Linux时 lib modules 使用的一些核心文件。 ◆/ dev dev是 device(设备)的缩写。 XIIR6 这个目录下是所有 Linux的外部设 H include 第二方力軟體 备,其功能类似DOS下的.Sys和 include share Windows下的.vxd。在 Linux中设 备和文件是用同种方法访问的。 還能操作的系铳 local 例如:/dev/hda代表第一个物理 e cache e cron ⅠDE硬盘 s“ □ lib H mail share ☆/etc这个目录用来存放所有系统 核心·檔案系 管理所需要的配置文件和子目录。 tmt
Linux的目录结构 ❖/bin bin是binary的缩写。这个 目录是对UNIX系统习惯的沿袭， 存放着使用者最经常使用的命令。 例如：cp,ls,cat等。 ❖/boot 这里存放的是启动Linux时 使用的一些核心文件。 ❖/dev dev是device(设备)的缩写。 这个目录下是所有Linux的外部设 备，其功能类似DOS下的.sys和 Windows下的.vxd。在Linux中设 备和文件是用同种方法访问的。 例如:/dev/hda代表第一个物理 IDE硬盘 ❖/etc 这个目录用来存放所有系统 管理所需要的配置文件和子目录