限制性作图一小分子DA 1)DNA限制性酶切片段电泳图 EcoR I BamhI Hi nd‖ E/BB/H E/H 4 3.0 1.6 1.6 1.O 2)推测的DNA限制性物理图 Sma HindI I I BamH1 ECOR I HindIII Ecor I Sma I 1.6 0.6
限制性作图—小分子DNA
DNA分子电子酶切物理图 水稻BAC克隆AP00724Sa∥位点电子酶切物理图 16. 29 40 46 MIP1 LRR-Kinase gene cluster 117 140145149 53161kb 17 475458 106 146148 16621 cgatgtccat gaaggcgagt gcggagccta ctccgcctca cgcaccttgg ttggcaaggc 16681 ctttcgtcag ggtttctatt ggctgacggc tcttaacgac gcggtcgacc tggtccggcg 16741 gtgcagggcg tgccagttcc acgccaggca aacccatcag ccggcccagg ccctgcagac 16801 catacctctt tcgtggccgt ttgctgtctg ggggctcgat atcctgggtc cgttcaggcg 16861 ggccccgggc gggttcgagt atctgtatgt cgctgtcgac aagttcacta agtggcccga 16921 ggcttatccg gtcatcaaga tcgataagca ctccgcgctt aaattcatca gaggcatcac 注:红色标示的为水稻BAC克隆AP007224Sm酶切位点 如果DNA顺序是已知的,可以通过计算机软件搜寻DNA顺序中 不同限制酶酶切位点绘制DNA分子限制性物理图
DNA分子电子酶切物理图 16621 cgatgtccat gaaggcgagt gcggagccta ctccgcctca cgcaccttgg ttggcaaggc 16681 ctttcgtcag ggtttctatt ggctgacggc tcttaacgac gcggtcgacc tggtccggcg 16741 gtgcagggcg tgccagttcc acgccaggca aacccatcag ccggcccagg ccctgcagac 16801 catacctctt tcgtggccgt ttgctgtctg ggggctcgat atcctgggtc cgttcaggcg 16861 ggccccgggc gggttcgagt atctgtatgt cgctgtcgac aagttcacta agtggcccga 16921 ggcttatccg gtcatcaaga tcgataagca ctccgcgctt aaattcatca gaggcatcac 注: 红色标示的为水稻BAC克隆AP007224 SalI酶切位点. 如果DNA顺序是已知的, 可以通过计算机软件搜寻DNA顺序中 不同限制酶酶切位点绘制DNA分子限制性物理图
大分子DNA物理图绘制
大分子DNA物理图绘制
大分子DA的研究策略与方法 1)什么是大分子DNA:百万碱基对,Mb 2)大分子DNA研究的面临的问题: 易断裂,难分离,难克隆 3)大分子DNA的研究方法: 1.制备--琼脂糖包埋法 2.酶切-稀有酶切位点限制酶 3.分离-脉冲电泳分离 4.克隆-载体设计
大分子DNA的研究策略与方法 1) 什么是大分子DNA: 百万碱基对, Mb 2) 大分子DNA研究的面临的问题: 易断裂, 难分离, 难克隆 3)大分子DNA的研究方法: 1. 制备---琼脂糖包埋法 2. 酶切---稀有酶切位点限制酶 3. 分离---脉冲电泳分离 4. 克隆---载体设计
稀有切点限制性内切酶的应用 1)什么是稀有切点内切酶:在基因组DNA顺序中只 有很少可识别序列的限制酶,一般识别位点在6-8 碱基对之间,并含有高G/C比 2)选用稀有切点限制酶注意事项 a)识别位点的非特异顺序, G ANTC-(Him), -GCCNnnn NGCC-BglI b)高等生物基因组一般AT比较高,应选G/C 高比例限制酶,如- GC GGCCGC(Not c)基因组甲基化状态,高等生物基因组DNA甲 基化比例很高,但果蝇和酵母基因组无甲基化
稀有切点限制性内切酶的应用 1) 什么是稀有切点内切酶: 在基因组DNA顺序中只 有很少可识别序列的限制酶, 一般识别位点在6-8 碱基对之间, 并含有高G/C比. 2) 选用稀有切点限制酶注意事项: a)识别位点的非特异顺序, -G ANTC- (HinfI), -GCCNNNN NGCC- (BglI) b)高等生物基因组一般A/T比较高, 应选G/C 高比例限制酶, 如-GC GGCCGC-(NotI) c) 基因组甲基化状态, 高等生物基因组DNA甲 基化比例很高, 但果蝇和酵母基因组无甲基化