CRc Cancer Research Center Shandong University 6341计算方法获取:同源建模法 AB1/Gm2如m 特例情况,虽然序列一致 Hu gz5Fkg等。A望 HutZ LQ PEQG LEVK Y 度达到很高水平,但是结 turn B7 构却并不相同。 B p92 tumn阝10 213214216216217218219 224225226 HugZ L D F KEG RE Hutz19EQ份 SAD Hutz LEU144 VAL146 GLY 148 Hug PHE14 LYS147 GLY218 LYS222 GLY223 [BMC Struct Biol, 2012, 12: 23] 18
特例情况，虽然序列一致 度达到很高水平，但是结 构却并不相同。 [BMC Struct Biol, 2012, 12:23] 6.3.4.1 计算方法获取：同源建模法 18
CRc Cancer Research Center Shandong University 6341计算方法获取:同源建模法 100 APPLICATIONS 10A designing and improving ligands 如果目标序列与模板 docking of macromolecules 序列之间的一致度< virtual screenings and 30%,那么同源建模 docking of small ligands 法是不适用的。 B defining antibody epitopes 15A 95% molecular replacement in X-ray crystallography designing chimeras, stable (crystallizable variants supporting site-directed refining NMR structures C fitting into low-resolution electron density ⑧ structure from sparse 80 xperimental restraints functional relationships from structural similarity conserved surface residues 19
如果目标序列与模板 序列之间的一致度 < 30%，那么同源建模 法是不适用的。 6.3.4.1 计算方法获取：同源建模法 19
CRc Cancer Research Center Shandong University 6342计算方法获取:穿线法 Threading √原理-不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 Target sequence LKADSSTATSTIQKALNNCDQGKAVRLSGVSLLIDKGVTLRAVNNAKSFENAPSSCGVDKNG Threading Template library Best template(energy function) Predicted model 20
✓原理 –不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 6.3.4.2 计算方法获取：穿线法 Threading 20
CRc Cancer Research Center Shandong University 6342计算方法获取:穿线法 Threading √原理-不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 gun 5 已知结构的蛋白质约10万,不同的结构拓扑1313。 21
已知结构的蛋白质约10万，不同的结构拓扑1313。 ✓原理 –不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 6.3.4.2 计算方法获取：穿线法 Threading 21
CRc Cancer Research Center Shandong University 6342计算方法获取:穿ms √全自动穿线法: I-TASSER-在线的蛋白质结构预测服务器,在近三届蛋 白质结构预测比赛(CASP7/8/9)中皆排名第一。作者为美国密歇根大学 的张阳教授。什么都不用自己操心,只需注册用户,输入 EMAIL、密码和 目标序列点RUN。 功ng UNIVERSITY OF MICHIGAN Home Server Download Forum Queue About Statistics Remove Search I-TASSER ONLINE rotein Structure Function Predictions (The server completed structure and function predictions for 83135 proteins submitted by 21511 users from 103 countries) Template library updated on 2011/10/05. Number of visitors: 611289) FTASSER server is an Internet service for protein structure and function predictions. 3D models are built based on multiple-threading alignments by LOMETS and iterative TASSER assembly simulations, function insights are then derived by matching the predicted models with protein function databases. I-TASSER (as Zhang-Server) was ranked as the No 1 server for protein structure prediction in recent CASP7, CASP8 and CASP9 experiments. It was also ranked as the best for function prediction in CASP9. The server is in active development with the goal to provide the most accurate structural and function predictions using state-of-the-art algorithms. The server is only for non-commercial use. Please report any problems and questions at I-TASSER message board ar answer the questions asap. ( More about the server.) 22 Download l-TASSER Standalone Package(Version 1
6.3.4.2 计算方法获取：穿线法 Threading ✓ 全自动穿线法：I-TASSER–在线的蛋白质结构预测服务器，在近三届蛋 白质结构预测比赛（CASP7/8/9）中皆排名第一。作者为美国密歇根大学 的张阳教授。什么都不用自己操心，只需注册用户，输入EMAIL、密码和 目标序列点RUN。 http://zhanglab.ccmb.med. umich.edu/I-TASSER 22