CRc Cancer Research Center Shandong University 6341计算方法获取:同源建模法 √半手动同源建模法 1.找到与目标序列同源的 Known structures 已知结构作为模版(目标 ( templates 序列与模版序列间的一致 度要≥30%) Target sequence Template selection Alignment Structure evaluation template-target assessment Structure modeling Homology model(s) 13
1. 找到与目标序列同源的 已知结构作为模版（目标 序列与模版序列间的一致 度要≥30%） ✓半手动同源建模法 6.3.4.1 计算方法获取：同源建模法 13
CRc Cancer Research Center Shandong University 6341计算方法获取:同源建模法 √半手动同源建模法 2.为目标序列与模版序列 Known structures (可以是多条)创建序列 ( templates 比对。通常比对工具自动 创建的序列比对还需要进 Target 一步人工校正。 sequence Template selection Alignment Structure evaluation template-target assessment Structure modeling Homology dels 14
2. 为目标序列与模版序列 （可以是多条）创建序列 比对。通常比对工具自动 创建的序列比对还需要进 一步人工校正。 ✓半手动同源建模法 6.3.4.1 计算方法获取：同源建模法 14
CRc Cancer Research Center Shandong University 6341计算方法获取:同源建模法 √半手动同源建模法 3.根据第二步创建的序列 Known structures 比对用同源建模软件,如 ( templates Modeller, ModLoop, Swiss Model等建模。 Target sequence Template selection Alignment Structure evaluation template-target assessment Structure modeling Homology dels 15
3. 根据第二步创建的序列 比对用同源建模软件，如 Modeller, ModLoop, SwissModel等建模。 ✓半手动同源建模法 6.3.4.1 计算方法获取：同源建模法 15
CRc Cancer Research Center Shandong University 6341计算方法获取:同源建模法 √半手动同源建模法 4.评估模型质量并根据评估 Known structures 结果重复以上过程,直至模 ( templates 型质量合格。 Target sequence Template selection Alignment Structure evaluation template-target assessment Structure modeling Homology dels 16
4. 评估模型质量并根据评估 结果重复以上过程，直至模 型质量合格。 ✓半手动同源建模法 6.3.4.1 计算方法获取：同源建模法 16
CRc Cancer Research Center Shandong University 6341计算方法获取:同源建模法 100 APPLICATIONS 10A designing and improving ligands 如果目标序列与模板 docking of macromolecules 序列相似度极高,那 virtual screenings and 么同源建模法是最准 docking of small ligands defining antibody epitopes 确的方法。 B 15A 95% molecular replacement in X-ray crystallography designing chimeras, stable (crystallizable variants supporting site-directed HAPPY refining NMR structures C fitting into low-resolution electron density structure from sparse 80 xperimental restraints functional relationships from structural similarity conserved surface residues 17
如果目标序列与模板 序列相似度极高，那 么同源建模法是最准 确的方法。 6.3.4.1 计算方法获取：同源建模法 17