§1 生物大分子结构测定的三种主要方法 §2 X-射线衍射测定蛋白质结构 §3 电子显微镜三维重构技术 §4 三维结构可视化 3D－structure visualization §5 结构-功能关系的分析与预测 Structure-function relationship

结构生物学的研究对象 结构生物学的研究历程与主要成果−−−诺贝尔奖 结构生物学的起始：DNA双螺旋 血红蛋白（Hemoglobin） 精确揭示病原分子三维结构与致病机制 基于三维结构的药物设计 基于抗原结构的疫苗设计 蛋白类药物的改造 结构生物学的发展前沿与趋势

转录因子调控的基本方式 一、通过与顺式调控元件相互作用影响转录活性 二、通过与其它转录因子或辅助蛋白相互作用影响转录活性 一、DNA/RNA与蛋白质的相互作用技术 ❑ Report gene Assay ❑ EMSA ❑ ChIP ❑ SELEX 二、蛋白质与蛋白质的相互作用技术 ❑ Protein Affinity Chromatography ❑ co-immunoprecipitation，Co-IP ❑ Pull down ❑ Phage Display ❑ Yeast Two-hybrid ❑ Protein Array

核受体与临床疾病发病与治疗 ◼ 神经系统疾病 ◼ 神经退行性变,慢性炎症(PPARΥ),疼痛,抑郁症、阿尔茨海默病(ER) ◼ 代谢性疾病 ◼ II型糖尿病、高脂血症、肥胖、高血压、脂肪肝、肿瘤、炎症（免疫）性疾病、水盐电解质代谢紊乱等 ◼ 血液系统疾病 ◼ 白血病(RXR,ER) ◼ Nuclear Receptor Pathway ◼ Hotspot in NRs research ◼ Basic Medicine (case I) ◼ Translational Medicine (case II) ◼ Applied Basic Research (case III) Hotspot in Gene Expression Regulation of Nuclear Receptors ➢乳腺癌治疗抵抗新机制的研究 ➢寻找乳腺癌治疗抵抗新策略

RNA聚合酶Ⅱ CTD的磷酸化促进转录延长 转录调控 顺式作用元件调控转录起始 转录激活因子促进基因转录 转录抑制因子抑制基因转录 CTD的磷酸化挽救不成功转录 常染色质区内基因有转录活性 组蛋白修饰改变染色质活性 转录活性基因启动子区甲基化程度低 非编码RNA参与调控染色质结构 染色质水平调控 转录后调控 mRNA 加帽和脱帽的调控 CTD参与调节RNA的转录后加工 剪接过程的调控 mRNA 加尾的调控 mRNA转运及细胞质定位的调控 mRNA稳定性的调控 翻译调控 翻译起始因子的磷酸化调节翻译 RBP结合UTR抑制翻译 通过5  -AUG调控翻译起始效率 miRISC结合靶mRNA抑制翻译 lncRNA调控mRNA的翻译 真核基因表达调控 1 Background 2 microRNA 3 lncRNA

• Protein Structure Prediction & Alignment (蛋白质结构预测&比对) • Molecular Dynamics Simulation (分子动力学模拟) • Protein-protein interaction prediction (蛋白质-蛋白质相互作用预测) 蛋白质结构比较 • Global versus local alignment（全局和局部比对） • Measuring protein similarity（结构相似度评估） • Protein structure superposition（结构叠合） • Protein structure alignment（结构比对）

1 基因组序列特征分析  碱基组成分析  序列模体分析  密码子使用偏嗜性分析  重复序列分析  限制性酶切位点分析  基因识别 2 基因功能分析 3 基因组比较 基因组比较  基因组比较：将一个基因组（全部序列、预测的所有基因或蛋白质）与其自身（物种内）或其它的基因组（物种间）进行比较。  对不同物种的基因组进行比较分析，帮助我们理解基因组间的相似性、基因组的进化及其基因的进化历程 基因组内比较 vs 基因组间比较

什么是生物信息学？ 生物信息在哪儿？ 细胞 分子 存贮、复制、传递和表达 遗传信息的系统 生物信息的载体 DNA RNA Protein Phenotype 生物信息学的发展背景 生物信息学的研究内容 我校生物信息学的平台简介

1 双序列比对介绍 2 BLAST的基本原理 3 BLAST应用 4 序列相似度聚类  人的BIRC5基因编码的蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2  BIRC5具有保守的功能结构域BIR 主要功能：caspase酶的抑制因子

生命科学的核心问题： 生命是什么？ 终极问题,最后Boss 一个 DNA （Gene）---- Gain/lost of function 多个或一组 DNA （Genes/ genome）----系统，网络 合成生物？ 干细胞组织工程？克隆动物（人）？ 肿瘤，转基因动物（绿色荧光小鼠），遗传病 DNA is very important ! • DNA的碱基排列（ATGC）顺序（sequence） 储存着遗传信息，进而决定物种性状； • 人的核内DNA有3X10^9个碱基对，以23对染 色体形式存在。 Decoding the genome: classical methods and ideas Mapping open chromatin in cd28/ctl4/icos locus region during T cells activation