《植物生理学》课程教学资源：课程参考资料：常用仪器操作方法（PDF电子版）图像处理方法Image J User Guide（IJ 1.46r, Revised edition）

ImageJ s User Guide IMAGEJ/FIJI 1.46 TOgO

ImageJ User Guide ImageJ User Guide Revised edition IJ 1.46r ImageJ/Fiji 1.46

ontents Release Notes for ImageJ 1. 46r Noteworthy Macro Listings Conventions I Getting Started 1 Introduction 2 Installing and Maintaining ImageJ 2.1 Image Distributions 2.2 Related software 2.3 Image 2 3 Getting Help 12235556 3.1 Help on Image Analys 3.2 Help on ImageJ II Working with ImageJ 4 Using Keyboard Shortcuts 5 Finding command 889 6 Undo and redo 7 Image Types and Format 8 Stacks, Virtual Stacks and Hyperstacks 2 9 Color Images 10 Selections 10.1 Manipulating ROIs 18 10.2 Composite Selections 10.3 Selections With Sub-pixel Coordinate 11 Overlays 9 1 2 3D Volumes 1 3 Settings and preferences III Extending ImageJ 14 Macros

Contents Release Notes for ImageJ 1.46r vii Noteworthy viii Macro Listings ix Conventions x I Getting Started 1 Introduction 1 2 Installing and Maintaining ImageJ 2 2.1 ImageJDistributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 2.2 Related Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2.3 ImageJ2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 3 Getting Help 5 3.1 Help on Image Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 3.2 Help on ImageJ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 II Working with ImageJ 4 Using Keyboard Shortcuts 8 5 Finding Commands 8 6 Undo and Redo 9 7 Image Types and Formats 10 8 Stacks, Virtual Stacks and Hyperstacks 12 9 Color Images 14 10 Selections 17 10.1 Manipulating ROIs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 10.2 Composite Selections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 10.3 Selections With Sub-pixel Coordinates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 11 Overlays 19 12 3D Volumes 21 13 Settings and Preferences 22 III Extending ImageJ 14 Macros 23 ii

15 Scripts 16 Plugins 17 Scripting in Other Languages 18 Running ImageJ From the Command Line IV ImageJ User Interface 1 9 Tools 19.1 Area Selection Tool ction tools 19.3 Arrow Tool 19.4 Angle Tool 19.5 Point Tool 19.6 Multi-point Tool 19.7 Wand Tool 19. 8 Text Tool 19.9 Magnifying G 19.10 Scrolling Tool 36 19.11 Color Picker Tool 19.12 More Tools Menu 19.13 Arrow 19.14 Brush 19.15 Developer Menu 19.16 Flood Filler 19.17 LUT Menu 19 18 Overlay Brush 19.19 Pencil 19.20 Pixel Inspector 19.21 Spray Can 19 22 Stacks Menu 20 Custom Tools 41 21 Contextual menu 22 Results table 23 Editor 44 24 Log Window 25 Customizing the ImageJ Interface 25.1 Floating Behavior of Main Window 5.2 Pointer 47 v Menu command 26 FileD 26.1 NewN

15 Scripts 24 16 Plugins 24 17 Scripting in Other Languages 26 18 Running ImageJ From the Command Line 26 IV ImageJ User Interface 19 Tools 19.1 Area Selection Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 19.2 Line Selection Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 19.3 Arrow Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 19.4 Angle Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 19.5 Point Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 19.6 Multi-point Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 19.7 Wand Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 19.8 Text Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 19.9 Magnifying Glass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 19.10 Scrolling Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 19.11 Color Picker Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 19.12 More Tools Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 19.13 Arrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 19.14 Brush . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 19.15 Developer Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 19.16 Flood Filler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 19.17 LUT Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 19.18 Overlay Brush . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 19.19 Pencil . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 19.20 Pixel Inspector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 19.21 Spray Can . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 19.22 Stacks Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 20 Custom Tools 41 21 Contextual Menu 42 22 Results Table 43 23 Editor 44 24 Log Window 46 25 Customizing the ImageJ Interface 46 25.1 Floating Behavior of Main Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 25.2 Pointer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 V Menu Commands 26 File . 49 26.1 New. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 iii

26.2 Open.o pen Next OI 26.4 Open Samples 26.5 Open Recent 51 26.6 Import 26.7 Close [w 26.8 Close Al 26.9 Save [ s 26.10 Save AsD 26.11 Revert [r] 26 12 Page Setup 26.13 Print..P 26 14 Quit 27 Edit 271Undo团2] 272cut冈] 27.3 Copy c 27.4 Copy to System 61 27.5 Paste v 27.6 Paste Control 27.7Cl 27.8 Clear Outside 279F 27.10Draw向d 27.11 Invert [ 27.12 Selection D 27.13 Optionsb 28 ImageD 28.1 Type 75 28.2 AdjustS 28.3 Show Info.[ 28.4 Pre 28.5 Colorb 28.6 Stacks> 28.7 Hyperstacksb 28.8Crop凶 97 28.9 Duplicate.. DI 8.10 Rename 28.11 Scale.. EI 98 28.12 Transforms 28.13 Zoom D 28.14 Overlay D 28.15 Lookup Tables 105 29 ProcessD 29.1 Smooth S arden 107 29.3 Find Edges 107 29.4 Find Maxima 107 29.5 Enhance Contrast

26.2 Open. . . [o] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 26.3 Open Next [O] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 26.4 Open Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 26.5 Open Recent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 26.6 Import . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 26.7 Close [w] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 26.8 Close All . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 26.9 Save [s] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 26.10 Save As . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 26.11 Revert [r] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 26.12 Page Setup. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 26.13 Print. . . [p] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 26.14 Quit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 27 Edit . 61 27.1 Undo [z] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 27.2 Cut [x] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 27.3 Copy [c] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 27.4 Copy to System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 27.5 Paste [v] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 27.6 Paste Control. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 27.7 Clear . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 27.8 Clear Outside . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 27.9 Fill [f] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 27.10 Draw [d] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 27.11 Invert [I] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63 27.12 Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63 27.13 Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 28 Image . 75 28.1 Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 28.2 Adjust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 28.3 Show Info. . . [i] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82 28.4 Properties. . . [P] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 28.5 Color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 28.6 Stacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86 28.7 Hyperstacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96 28.8 Crop [X] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97 28.9 Duplicate. . . [D] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97 28.10 Rename. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 28.11 Scale. . . [E] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 28.12 Transform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 28.13 Zoom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 28.14 Overlay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 28.15 Lookup Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105 29 Process . 107 29.1 Smooth [S] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 29.2 Sharpen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 29.3 Find Edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 29.4 Find Maxima. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 29.5 Enhance Contrast. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 iv

29.6 NoiseD 110 9.7 Shadows 29.8 Binary b 112 29.9 Math 9.10 FFTD 29.11 Filters 124 9.12 Batch 29. 13 Image Calculator 128 9.14 Subtract Background 29. 15 Repeat Command [R] 30 AnalyzeD 132 30.1 Measure..m 132 30.2 Analyze Particles 132 30.3 Summarize 30.4 Distribution 135 30.5 Label 136 30.6 Clear results 30.7 Set Measurements 30.8 Set Scale 30.9 Calibrate 30.10 Histogram [h] 30.11 Plot Profile [k] 142 30.12 Surface Plot 30 13 Gels 144 30.14 Tools 146 31 Plugins 156 B11 Macros 31.2 Shortcuts 31.3 Utilities 158 31.4 Newp 161 31.5 Compile and Run 32.1 Show All[I 163 32.2 Put Behind [tab 32.3 Cascade 32.4 Tile 33 HeloD 164 33.1 ImageJ Website 164 33.2 Imagej News 164 33.3 Documentation 164 33.4 Installation 33.5 Mailing Lis 164 33.6 Dey. resources 164 33.7 Plugins 164 33.8 Macros 164 33.9 Macro Functions 33.10 Update ImageJ 165 33.11 Refresh Menus

29.6 Noise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 29.7 Shadows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 29.8 Binary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112 29.9 Math . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 29.10 FFT. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120 29.11 Filters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 29.12 Batch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 29.13 Image Calculator. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128 29.14 Subtract Background. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129 29.15 Repeat Command [R] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 30 Analyze . 132 30.1 Measure. . . [m] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132 30.2 Analyze Particles. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132 30.3 Summarize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 30.4 Distribution. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 30.5 Label . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 30.6 Clear Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 30.7 Set Measurements. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 30.8 Set Scale. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 30.9 Calibrate. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 30.10 Histogram [h] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 30.11 Plot Profile [k] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 30.12 Surface Plot. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143 30.13 Gels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 30.14 Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146 31 Plugins . 156 31.1 Macros . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156 31.2 Shortcuts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157 31.3 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158 31.4 New. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161 31.5 Compile and Run. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162 32 Window . 163 32.1 Show All [ ] ] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 32.2 Put Behind [tab] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 32.3 Cascade . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 32.4 Tile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 33 Help . 164 33.1 ImageJ Website. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.2 ImageJ News. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.3 Documentation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.4 Installation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.5 Mailing List. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.6 Dev. Resources. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.7 Plugins. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.8 Macros. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.9 Macro Functions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.10 Update ImageJ. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165 33.11 Refresh Menus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165 v