机构简称收录的基因组数据网站 BBOP 果蝇 http://www.berkeleybop.org BHF-UCL 心血管基因 http://www.cardiovasculargeneontolo gy. com dictyBase 粘菌盘基网柄菌 http:/dictybase.org Ecoliwiki 大肠杆菌 http://ecoliwki.net FlyBase 果蝇 http://flybase.bioindianaedu GeneDB 裂殖酵母 http://www.genedb.org 恶性疟原虫 硕大利什曼原虫 布氏锥虫 GOA UniProt和InterPro注释http://www.ebi.ac.uk/goa Gramene 农作物基因数据库 http://www.gramene.org MGD and gX小家鼠 http://www.informatics.jax.org RGD 褐家鼠 http://rgd.mewedu Reactome 生物过程知识库 http://www.genomeknowledge.org SGD 芽殖酵母 http://www.yeastgenome.org 酿酒酵母 TAIR 拟南芥 http://www.arabidopsis.org IGS 基因组研究的工具和数据http://wwwigs.umaryland.edu JCVI 若千种细菌基因组数据库http://wwwjcvi.org WormBase 线虫 http://www.warmbaseorg ZFIN 斑马鱼 http://zfin.org
GO注释体系特点 GO通过控制注释词汇的层次结构使得硏究人员能够从不同层面查询 和使用基因注释信息。 从整体上来看GO注释系统是一个有向无环图( Directed cyclIc Graphs)包含三个分支即:生物学过程( (biological process)),分子功能 ( molecular function)和细胞组分 (cellular component。 注释系统中每一个结点(node)都是基因或蛋白的一种描术结点之间保 持严格的关系即"isa”或" part of。 DNA metabolism DNA degradatio DNA recombination DNA packag + DNA repair DNA replication mitochondrial genome maintenance DNA-dependent DNA replication DNA-dependent DNA replication DNA Hgation pre-repllcative compl 加 DNA strand elongation formation and maintenance 9 Logging strand
GO注释体系特点 ◼ GO通过控制注释词汇的层次结构使得研究人员能够从不同层面查询 和使用基因注释信息。 ◼ 从整体上来看GO注释系统是一个有向无环图(Directed Acyclic Graphs),包含三个分支,即: 生物学过程(biological process)，分子功能 (molecular function)和细胞组分(cellular component)。 ◼ 注释系统中每一个结点(node)都是基因或蛋白的一种描述,结点之间保 持严格的关系,即“is a”或“part of
使用GO数据库 1.用关键词检索GO数据库 ■检索GO数据库通常先进入 Amigo的首页。在GO数据库中,每条记录 都有一个数据标识号 GO: XXXXXX和对应的术语。因此检索时需要知 道待查基因的数字标识号或术语,将它们直接输入框中检索即可。如 果检索的基因或蛋白质存在别名,可在检索框下勾选“ gene or proteins”,并在检索框中输入别名检索;" exact match'表示是否完全 匹配,可供选择。 the Gene Ontology AmiGo Search Browse BLAST More Tools Help Search the Gene ontology database o terms c genes or proteins r exact match 提交查询内容 AmIGo Version:1.7 go database release 2010-02-20 Try AmiGo Labs Cite this data· Terms of use· o helpdesk Copyright 1999-2009 the Gene Ontology
1. 用关键词检索GO数据库 ◼ 检索GO数据库通常先进入AmiGO的首页。在GO数据库中，每条记录 都有一个数据标识号GO:XXXXXX和对应的术语。因此检索时需要知 道待查基因的数字标识号或术语，将它们直接输入框中检索即可。如 果检索的基因或蛋白质存在别名，可在检索框下勾选“gene or proteins”,并在检索框中输入别名检索；“exact match”表示是否完全 匹配，可供选择。 一、使用GO数据库
举例 这里以检索神经源性分化因子6( NEUROD6)为例。在检索框 中输入“ NEURODO63并勾选" gene and proteins和" exact match运行后所得基因产物检索结果如图所示。 Search GO NEUROD6 C Go terms genes or proteins exact match[提查谢内容了 Gene product search results 4 results for NEUROD6 in genes or proteins fields symbol, full name(s) and synonyms V Filter search results冒 iiter Gene Products. Filter Gene Products by Associations Set tilters Gene Product Type Data source Ontology Remove all filters ological Results are sorted by relevance, To change the sort order, dick on the column headers. set a LCaa Peform an action with this page's selected gene products.v rel Symbol, full name Species Neuron 8 associations gene from Mus musculus neurogenic differentiation 6 Neuron 3 associations gene from Rattus norvegicus neurogenic differentiation 6 INEUROD6 7 associations protein from Bos taurus Neurogenicdifferentiation factor 6 neurons 7 associations protein from Homo sapiens Neurogenic differentiation factor 6 SEles a Clear al Perform an action with this page's selected gene products. v Gel
◼ 这里以检索神经源性分化因子6（NEUROD6）为例。在检索框 中输入“NEUROD6”并勾选“gene and proteins”和“exact match”,运行后所得基因产物检索结果如图所示。 举例
此图显示了该基因产物的基本信息,包括类型、物种 别名来源和序列 Search Go a terms genes or proteins exact match 提交查询内容 NEURoD6 Gene product information↓7 term associations→ Information Symbol NEURODE Name(s) Neurogenic differentiation factor 6 Homo sapiens(human) synonyms ATOH2 IPI00102358 Myo51 NDF6 HUMAN NEUROD6 Database UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/Swiss-Prot: Q96NK8 Sequence No peptide sequence available ack to top
人民卫生出版社8年制及7年制临床医学等专业用《生物信息学》 此图显示了该基因产物的基本信息，包括类型、物种、 别名来源和序列