基因注释与功能分类 Gene Annotation And Functional Classification

第八章基因注释与功能分类 Gene Annotation And Functional classification

第八章 基因注释与功能分类 Gene Annotation And Functional Classification

第一节引言 背景 随着后基因组( post-genomIcs时代的来临,基因组学的研究 重心开始从阐明所有遗传信息转移到在整体分子水平对功能进行 研究。这种转变的一个重要标志是产生了功能基因组学 functional genomics >任务 功能基因组学的主要任务之一是进行基因组功能注释 ( genome annotation),了解基因的功能,认识基因与疾病的关 系,掌握基因的产物及其在生命活动中的作用等。 意义 快速有效的基因注释对进一步识别基因,研究基因的表达调 控机制,研究基因在生物体代谢途径中的地位,分析基因、基因 产物之间的相互作用关系,预测和发现蛋白质功能,揭示生命的 起源和进化等具有重要的意义

第一节 引 言 ➢背景 随着后基因组(post-genomics)时代的来临，基因组学的研究 重心开始从阐明所有遗传信息转移到在整体分子水平对功能进行 研 究 。 这种转变的一个重要标志是产生了 功能基因组学 （functional genomics）。 ➢任务 功能基因组学的主要任务之一是进行基因组 功能注释 （genome annotation），了解基因的功能，认识基因与疾病的关 系，掌握基因的产物及其在生命活动中的作用等。 ➢意义 快速有效的基因注释对进一步识别基因，研究基因的表达调 控机制，研究基因在生物体代谢途径中的地位，分析基因、基因 产物之间的相互作用关系，预测和发现蛋白质功能，揭示生命的 起源和进化等具有重要的意义

第二节基因注释数据库 Gene Annotation Database 基因注释数据库产生的原因 研究人员已经掌握了大量的全基因组数据,同时关 于基因、基因产物以及生物学通路的数据也越来越多,解释 生物学实验的结果,尤其从基因组角度,需要系统的方法。 二、在基因组范围内描述蛋白质功能十分复杂,最好的 工具就是计算机程序,提供结构化的标准的生物学模型,以便 计算机程序进行分析,成为从整体水平系统硏究基因及其产物 的一项基本需求

第二节 基因注释数据库 Gene Annotation Database 一、研究人员已经掌握了大量的全基因组数据，同时关 于基因、基因产物以及生物学通路的数据也越来越多，解释 生物学实验的结果，尤其从基因组角度，需要系统的方法。 基因注释数据库产生的原因 二、在基因组范围内描述蛋白质功能十分复杂，最好的 工具就是计算机程序，提供结构化的标准的生物学模型，以便 计算机程序进行分析，成为从整体水平系统研究基因及其产物 的一项基本需求

基因本体( gene ontology,GO)数据库 基因本体数据库是GO组织( Gene Ontology Consortium) 在2000年构建的一个结构化的标准生物学模型,旨在建立基因 及其产物知识的标准词汇体系,涵盖了基因的细胞组分 ( cellular component)、分子功能( molecular function)、生 物学过程( biological process Et the Gene Ontology gene or proten name回 Welcome to the Gene Ontology website! The Gene Ontology project is a major bioinformatics initiative with the aim of standardizing the representation of gene and gene product attributes across specles and databases. The project provides a controlled vocabulary of terms for describing gene Docmentation oduct characteristics and gene product annotation data from GO Consortium members, as well as tools to access and process this data. Read more about the Gene ontology The Gene Ontology project very much encourages input from the community into both the content of the GO and annotation onboctco using G( e very happy to work with others to ensure that the Go is both complete and accurate, and we aiso very much News RssT cabo encourage communities to submit Go annotations for inclusion in the Go database. Please contact us Search the Gene Ontology Database Search for genes, proteins or Go terms using AmiGO: AmiGO is the official Go browser and search engine. Browse the Gene Ontology with AmiGo

一、基因本体（gene ontology, GO）数据库 基因本体数据库是GO组织（Gene Ontology Consortium） 在2000年构建的一个结构化的标准生物学模型，旨在建立基因 及其产物知识的标准词汇体系 ，涵盖了基因的细胞组分 （cellular component）、分子功能（molecular function）、生 物学过程（biological process）

GO数据库收录的基因组数据列表 ■GO数据库最初收录的基因信息来源于3个模式生 物数据库:果蝇、酵母和小鼠,随后相继收录了 更多数据,其中包括国际上主要的植物,动物和 微生物基因组数据库。 ■GO术语在多个合作数据库中的统一使用,促进了 各类数据库对基因描述的一致性

◼ GO数据库最初收录的基因信息来源于3个模式生 物数据库：果蝇、酵母和小鼠，随后相继收录了 更多数据，其中包括国际上主要的植物，动物和 微生物基因组数据库。 ◼ GO术语在多个合作数据库中的统一使用，促进了 各类数据库对基因描述的一致性。 GO数据库收录的基因组数据列表