1月3日，武汉市卫健委发布不明原因病毒性肺炎最新通报：2019年12月以来， 我委开展呼吸道疾病及相关疾病监测，发现不明原因的病毒性肺炎病例，病例临 床表现主要为发热，少数病人呼吸困难，胸片呈双肺浸润性病灶。截至2020年 1月3日8时，共发现符合不明原因的病毒性肺炎诊断患者44例，其中重症11 例，其余患者生命体征总体稳定。目前所有病例均在武汉市医疗机构接受隔离治 疗，已经追踪到121名密切接触者并行医学观察，密切接触者的追踪工作仍在进 行中。病原鉴定（包括核酸检测和病毒分离培养）和病因溯源工作正在进行中， 己排除流感、禽流感、腺病毒感染等常见呼吸道疾病。 问题： 1.如何快速确认病原体？未知序列的测序策略 2.病毒序列分析。 3.确认病毒序列后如何检测？ 如何进行大规模检测？ 自动化移液工作站 混检方式 检测方法 4.核酸检测和抗体检测的应用 5.英国新冠病毒的突变位点有哪些？ 6.这些突变对新冠病毒的感染能力和检测有什么影响？ 1 SARS-CoV-2 SARS-oV-2是一种正义单链RNA病毒，在基因组水平上与蝙蝠冠状病毒 的同源性为96%，与SARS-CoV的同源性超过80%，与MERS的同源性超 过50%。同时，对SARS-CoV-2的7个保守性非结构蛋白域进行的成对蛋 白质序列分析也表明，该病毒属于冠状病毒 (severe acute respiratory syndrome
1 月 3 日，武汉市卫健委发布不明原因病毒性肺炎最新通报：2019 年 12 月以来， 我委开展呼吸道疾病及相关疾病监测，发现不明原因的病毒性肺炎病例，病例临 床表现主要为发热，少数病人呼吸困难，胸片呈双肺浸润性病灶。截至 2020 年 1 月 3 日 8 时，共发现符合不明原因的病毒性肺炎诊断患者 44 例，其中重症 11 例，其余患者生命体征总体稳定。目前所有病例均在武汉市医疗机构接受隔离治 疗，已经追踪到 121 名密切接触者并行医学观察，密切接触者的追踪工作仍在进 行中。病原鉴定（包括核酸检测和病毒分离培养）和病因溯源工作正在进行中， 已排除流感、禽流感、腺病毒感染等常见呼吸道疾病。 问题： 1. 如何快速确认病原体？未知序列的测序策略 2. 病毒序列分析。 3. 确认病毒序列后如何检测？ 如何进行大规模检测？ 自动化移液工作站 混检方式 检测方法 4. 核酸检测和抗体检测的应用。 5. 英国新冠病毒的突变位点有哪些？ 6. 这些突变对新冠病毒的感染能力和检测有什么影响？ 1 SARS-CoV-2 SARS-oV-2 是一种正义单链 RNA 病毒，在基因组水平上与蝙蝠冠状病毒 的同源性为 96 %，与 SARS-CoV 的同源性超过 80 %，与 MERS 的同源性超 过 50 %。同时，对 SARS-CoV-2 的 7 个保守性非结构蛋白域进行的成对蛋 白质序列分析也表明，该病毒属于冠状病毒 （severe acute respiratory syndrome-
related rhinolophus bat coronavirus,SARr-CoV),属于B-CoV的B 亚群。 SARS-CoV-2的基因组大小为29891个核苷酸，编码9860个氨基酸。其 按照5'-复制酶多聚糖蛋白(OF1b),刺突蛋白(S),小包膜糖蛋白 (),膜糖蛋白(M)和核衣壳蛋白(N)-3的顺序进行编码。在 SARS-CoV-2细胞膜表面存在了大量的刺突蛋白(S),这种蛋白以类似 于SARS-CoV的方式高亲和力结合人血管紧张素转化酶2(angotensin converting enzyme2,ACE2)受体，病毒膜随后与宿主细胞膜融合，以将 病毒介导到宿主细胞中。核衣壳蛋白(N)与病毒RNA相结合，参与病 毒的包装，可能具有RNA转录的开关功能。小包膜糖蛋白(E)与膜糖 蛋白(M)相互作用，参与病毒组装和释放。 值得注意的是，由于SARS-COV-2缺乏聚合酶的校对活性，使其具有较 高的突变率。根据国家生物信息中心统计，SARS-CoV-2核苷酸变异数主 要集中于ORF1ab基因和S基因，其中ORF7a变异频率最高，ORF3a次 之。变异类型以单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism SNP)和缺失为主
related rhinolophus bat coronavirus，SARSr-CoV），属于 β- CoV 的 B 亚群。 SARS-CoV-2 的基因组大小为 29891 个核苷酸，编码 9860 个氨基酸。其 按照 5′ – 复制酶多聚糖蛋白（ORF1ab），刺突蛋白（S），小包膜糖蛋白 （E），膜糖蛋白（M）和核衣壳蛋白（N） – 3′的顺序进行编码。在 SARS-CoV-2 细胞膜表面存在了大量的刺突蛋白（S），这种蛋白以类似 于 SARS-CoV 的方式高亲和力结合人血管紧张素转化酶 2（angotensin converting enzyme 2，ACE2）受体，病毒膜随后与宿主细胞膜融合，以将 病毒介导到宿主细胞中。核衣壳蛋白（N）与病毒 RNA 相结合，参与病 毒的包装，可能具有 RNA 转录的开关功能。小包膜糖蛋白（E）与膜糖 蛋白（M）相互作用，参与病毒组装和释放。 值得注意的是，由于 SARS-CoV-2 缺乏聚合酶的校对活性，使其具有较 高的突变率。根据国家生物信息中心统计，SARS-CoV-2 核苷酸变异数主 要集中于 ORF1ab 基因和 S 基因，其中 ORF7a 变异频率最高，ORF3a 次 之。变异类型以单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism， SNP）和缺失为主
质 劫持 SARS-CoV-2如何在感染者的细胞中自我复制 5ARS-CoV-2 细胞膜 新SARS CoV-2 TMPRSS ACE 复合物 6 高尔甚体 1病毒体上的刺突蛋白结合细胞表面的ACE2蛋白。蛋白酶TMPRSS2帮助病毒体进入细胞2病毒体释放RNA 装新病香质形成复制复合物以生产更多的 来源：Songet al,us2019 angetal,Microbesand1 nfections202;《经济学人J
the authentic SARS-CoV-2 virus RNP hexo the 'Eggs-in-a-nest the-Needle 新冠英国突变株测序突变位点揭晓：与ACE2受体亲和力提高干倍 由于新冠病毒的新变种，英国确诊病例数量在过去2周之内猛增，科学家 认为，这种新变种比原始毒株的传播性高出70%，S蛋白与人ACE2受体 结合亲和力提高了1000倍
新冠英国突变株测序突变位点揭晓:与 ACE2 受体亲和力提高千倍！ 由于新冠病毒的新变种，英国确诊病例数量在过去 2 周之内猛增，科学家 认为，这种新变种比原始毒株的传播性高出 70％，S 蛋白与人 ACE2 受体 结合亲和力提高了 1000 倍
疫情以来，虽然新亚型不断出现，但英国的这一新突变株的传播能力异 常恐怖。 这一毒株从9月在英国东南部出现，在英国迅速蔓延，目前已经成为 伦敦地区的主要毒株。该病毒株在英格兰东南部的新感染病例中占43%， 在英格兰东部占59%；在伦敦占62%。截止到12月10日英国已检测出 46,710个该毒株的感染者。 C0G.拳 Table 1a.Priority mutations being tracked by coG-UK Mutation oehm um UK 0/12/2020 D614G 81 nm 118,906 1147 A222V 81.177 agrouinginbut no 46.710 7,8本 439 18 26 46970T 3,504 1228 B.117 gwoR&pe 2,057 1182 8117 照 1524 1034 020 B1258 1395 176 Y453F 0 0 mber 15 based on data dep from the last 2 weeks
疫情以来，虽然新亚型不断出现，但英国的这一新突变株的传播能力异 常恐怖。 这一毒株从 9 月在英国东南部出现，在英国迅速蔓延，目前已经成为 伦敦地区的主要毒株。该病毒株在英格兰东南部的新感染病例中占 43%； 在英格兰东部占 59%；在伦敦占 62%。截止到 12 月 10 日英国已检测出 46,710 个该毒株的感染者