EST 90年代初Craig Venter提出了EST的概念，并测定 了609条人脑组织的EST,宣布了cDNA大规模测序 的时代的开始(Adams et al.,1991)。 口EST(Expressed Sequence tags,表达序列标签) 是从已建好的cDNA文库中随机抽取克隆，从5末 端或3'末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动 测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列
EST 90年代初Craig Venter 提出了EST的概念，并测定 了609条人脑组织的EST，宣布了cDNA大规模测序 的时代的开始 (Adams et al., 1991)。 EST（Expressed Sequence tags，表达序列标签 ） 是从已建好的cDNA文库中随机抽取克隆，从5’末 端或3’末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动 测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列
EST相关数据库 储存EST原始数据的一级数据库 ◆EMBL ◆GenBank(dbEST) ◆DDBJ 对EST进行聚类拼接的二级数据库 UniGene (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene) TIGR Gene Indices (http://www.tigr.org/tdb/tgi/) STACK (http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html) 0
EST相关数据库 储存EST原始数据的一级数据库 EMBL GenBank (dbEST) DDBJ UniGene (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene) TIGR Gene Indices (http://www.tigr.org/tdb/tgi/) STACK (http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html) 对EST进行聚类拼接的二级数据库
EST的应用1：EST与基因识别 ● 在同一物种中搜寻基因家族的新成员(paralogs))。 在不同物种间搜寻功能相同的基因(orthologs)。 ●已知基因的不同剪切模式的搜寻。 EST的应用2：大规模分析基因表达水平
● 在同一物种中搜寻基因家族的新成员(paralogs)。 ● 在不同物种间搜寻功能相同的基因(orthologs)。 ● 已知基因的不同剪切模式的搜寻。 EST的应用 1： EST与基因识别 EST的应用 2：大规模分析基因表达水平
EST技术流程： 一、cDNA文库构建 二、序列测定及数据分析 随机挑取克隆进行5或3端测序 序列前处理 聚类和拼接 基因注释及功能分类 后续分析
随机挑取克隆进行5’或3’端测序 序列前处理 聚类和拼接 基因注释及功能分类 后续分析 EST技术流程： 一、cDNA文库构建 二、序列测定及数据分析
cDNA文库 组织或细胞 cDNA:为具有与某RNA链呈 提取RNA 互补的碱基序列的单链DNA 制备好的RA 即complementary DNA之缩 合成双链cDNA 写 回收大小合适的片段 以mRNA为模板，经反转录 酶在体外反转录成cDNA, 连接 与适当的载体（常用噬菌体 cDNA连接液 或质粒载体)连接后转化受 转化 体菌，则每个细菌含有一段 cDNA,并能繁殖扩增，这 满定 插入片段序列 样包含着细胞全部mRNA信 插入锻大小 抽提质粒DNA 抽提质粒DA 息的cDNA克隆集合称为该 组织细胞的cDNA文库。 限制性内切酶酶切 DNA测序
cDNA文库 cDNA:为具有与某RNA链呈 互补的碱基序列的单链DNA 即complementary DNA之缩 写。 以mRNA为模板，经反转录 酶在体外反转录成cDNA， 与适当的载体（常用噬菌体 或质粒载体）连接后转化受 体菌，则每个细菌含有一段 cDNA，并能繁殖扩增，这 样包含着细胞全部mRNA信 息的cDNA克隆集合称为该 组织细胞的cDNA文库